据史书记载，张居正系“劳瘁”而死。劳瘁的意思是说，因为过度劳累，遭致身体虚弱而死。也就是说，张居正完全是为国事操劳太多，累死的。
张居正去世后的第四天，本来万历皇帝才为张居正辍朝哀悼了，但是这时候，有言官们开始“打死蛇”。先是有七个言官联合起来弹劾张居正提拔起来的礼部尚书、武英殿大学士潘晟。万历皇帝立刻命令潘晟退休回家。接着，言官们直接把矛头对准张居正，说张居正有各种各样的“罪行”。于是万历皇帝下令调查。接着查抄了张居正的家，把张居正的家人流放到边远的地区。张居正的家人很多还没到流放地，就纷纷自杀或病饿而死。
万历皇帝对张居正的打击越来越大，甚至还差点开棺毁尸。最终因为反对的声音太大，万历皇帝才停止了他对张居正的继续迫害。
（张居正）
张居正死后，那些言官之所以要迫害张居正，是有理由的。毕竟张居正在位的时候，所选拔的，都是张居正喜欢的人，都是张居正的派系。而那些言官，以及躲在言官后面，指使言官弹劾张居正的，包括宰相张四维等人，他们是为了谋求自己的利益。毕竟只有迫害张居正，才能扳倒张居正的那些派系。扳倒了张居正的那些派系，他们才能做大当官。比如张四维就接替了张居正，成为首辅。而潘晟就没有当成首辅。
不过，万历皇帝也参与迫害张居正，其实是没有道理的。
历史上也有这种情况，比如霍光去世以后，汉宣帝就清理了霍光的家人，把他全家杀的杀，抄家的抄家。
但是，汉宣帝之所以要那样处理霍光的家人，确实是因为霍光的家人有谋反的行为。而且霍光的老婆还害死了汉宣帝的妻子许平君，这个仇，汉宣帝不可能不报。而且，就算汉宣帝打击霍光的家人，他对霍光也给予了充分的肯定，并没有否定霍光，并且还把霍光列入麒麟阁中，给予了霍光充分的尊重。
而张居正却并没有谋反的行为，张居正的儿子们，也没有谋反的行为。张居正有六个儿子，虽然这六个儿子都当了官，但是没有一个儿子在核心权力部门，也没有谁掌控着什么军队，手中没有什么权力。万历皇帝在下令查抄处置张居正家的时候，这几个儿子基本上都是毫无还手之力。大儿子张敬修在狱中遭遇严刑拷打，自杀身亡；二儿子张嗣修被发配充军，下落不明；三儿子张懋修投井自杀未遂，绝食又没饿死，最终被发配后在瘴疠之地被害死。其他三个儿子的命运也极为凄惨。
（万历皇帝画像）
也就是说，万历皇帝那样残酷打击张居正，对他本人似乎并没有多少好处。反而是会被别人认为，万历皇帝刻薄寡恩，残酷无情。那他为什么要这样做呢？
有人认为，万历皇帝这样做，是无脑的表现。因为有很多大臣弹劾张居正，于是他就命人调查。而调查的人又是张居正的敌人，因此调查出来给他看的材料，肯定都是对张居正不利的。万历皇帝不加甄别，信以为真，因此就宣布严厉惩处张居正。
不过这种说法并没有道理。万历皇帝难道不明白张居正对国家是立下了大功劳的吗？对于这样一个立下大功劳的人，他怎么可能随便就听从别人的弹劾呢？这不是无脑的问题，而是基本常识的问题。万历皇帝再无脑，他基本的常识应该是有的。再说了，实际上我们从万历皇帝后来的表现也可以看出，他其实是个倔强的人，是不会轻易接受别人意见的。
又有人说，万历皇帝是想打击报复。因为在他长大的过程中，张居正一直扮演着一个严父的角色，这让张居正非常不爽。张居正生前，万历皇帝不敢把张居正怎样，在张居正去世后，他一定要打击一把。毕竟打死蛇，死蛇也不会咬人。
不过，这也把万历看得太小儿科了。事实上，在整个万历朝中，他虽然三十年不上朝，但是整个明朝其实一直相安无事，天下太平。从这里也可以看出，万历皇帝实际上是有统治手段的。
