但是宦官集团不肯放过他，蔡邕亡命江湖。
就在流亡期间，他从火里救出一块桐木，制作成了焦尾琴，他从屋顶房梁的竹子上，看到了柯亭笛。他还见到了王充《论衡》书稿，大力推崇，让这部书得以流传。
但是他这个人才却没有人发掘出来，他就这么流亡了十二年。
一直到后来袁绍诛杀宦官，董卓入京，把持朝政。
董卓这个传说中残暴成性的军阀却成了蔡邕的伯乐，他要求蔡邕到朝廷里来，蔡邕拒绝了，这时候的他只想安安静静地生活。
结果董卓觉得自己没有面子，很生气：“不来就杀你全家。”
蔡邕只好上任。
董卓虽然在历史上名声不好，但对蔡邕是真好，三天之内，他的官职从祭酒一路升迁到中郎将。
然而好景不长，董卓被王允设计杀害。
他的伯乐就这么没了，蔡邕不由叹息了一声。
这一声叹息，让王允不高兴了，认为蔡邕的立场有问题。
蔡邕赶忙认罪，说愿意接受惩罚，您在脸上刺个字也行，砍我的腿也行，您留我一条命，让我把汉书写完。
王允一声冷笑：“当年汉武帝不杀司马迁，留下了一部谤书《史记》，现在怎么能留下这样的人再写文章呢。”
于是蔡邕死在了狱中。
他这一生，在宦官面前谨小慎微，两次党锢之祸都没有伤及分毫，流亡江湖十二年还能苟全性命，最终却死到了一个士大夫手里。
