我认为主要是几个原因：
其一就是内帑的钱太少了，根本不够。
军饷是一笔大数目，尤其是到了明末，由于要用到军队的地方实在太多，为了让士兵肯尽心卖力，军饷水涨船高，这笔庞大的花费不是崇祯皇帝的私房钱可以承受的。
其二就是怕乱了规矩。
发军饷本就是应该从国库支取的项目，崇祯皇帝不相信国库没钱，国库没钱就是因为税没收上来，只要把税收上来就有钱了。
如果由皇帝从私房钱里拿出钱来付军饷，那么以后所有的花费都要皇帝自己掏腰包了，这就乱了规矩了，所以崇祯皇帝不说话，不能答应这个事儿。
其三就是为了皇帝的权威。
东林党人这么嚣张，如果崇祯皇帝再从内帑里把钱拿出来掏了，那以后他这个皇帝也别干了，被架空是迟早的事。
明朝，在朱元璋的策划下，制定了一系列细化官员权力的组织制度，在分化了官员权力，防止专权的同时，其实也极大的限制了皇帝的权力，因此明代的皇帝，尤其是后面的几任皇帝，往往当的很不痛快，因为不自由啊。
东林党人他们不是一个人在战斗，而是一群人，一个党派，这样就把被分化的权力给重新集中起来了，因此东林党人势力很大，皇帝也拿他们无可奈何。
崇祯尽管没法除掉东林党人，却也要尽力维护自己皇帝的权威，所以，崇祯皇帝不能同意从自己的内帑里出钱发军饷。
结语
这事情到了后来，就僵在那了。
东林党人拒不执行皇帝的命令，百般推诿甚至反击皇帝，皇帝也因为各种原因，不愿作让步。
明帝国就在这样毫无意义的扯皮当中，一步步走向了灭亡。
所谓倾巢之下岂有完卵，明帝国崩塌之后，那些东林党人也在与满洲八旗兵的对抗中灰飞烟灭了。
君子舍生取义，君子群而不党，这些见利忘义，结党争利的人，不过是真小人，假君子罢了。
