公元1368年，朱元璋在南京登基，立国号为明。于是由汉人建立的最后一个封建王朝，开始了它二百七十六年的历史。
内阁制度由来
朱元璋虽然在表面上，不在乎自己曾经是布衣身份，但是内心中这份自卑的潜意识却依然在内心，面对满朝那些出身比他好的官员，朱元璋坐在金銮殿中浑身感觉到不自在与一种难以言喻的恐惧。
面对恐惧，人们最常见的做法大概就有两种，一种就是选择逃避，还有一种就是选择毁灭。身为从乱世杀出一条血路的朱元璋，肯定不会选择逃避，否则他也不会有如今的地位。于是一场杀戮就此开始。
他先后掀起了两次大的针对朝廷功臣的大屠杀，并借此机会，在洪武十三年，以谋反罪的罪名处死了当时的宰相胡惟庸，并彻底的废除了宰相制度。至此之后，大明的朝廷出现了中国两千多年封建官职上的一个从未有的现象，皇帝直接对接六部。
虽然朱元璋是苦出生，也能吃苦，但是毕竟管理的大明的确面积太大，人口众多，每天那么多事情，不是这里有灾荒，就是那里有反叛，人事，经济，民生，外交，再加上要面对朝廷各种势力的斗争以及平衡，这让朱元璋感觉到就算是不睡觉甚至累死，也无法完成这样的多的工作量。于是在洪武十五年，朱元璋就设置了殿阁大学士，帮助皇帝处理公文，《明史·职官一》记载：
“十五年，仿宋制，置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，又置文华殿大学士，以辅导太子，秩皆正五品……大学士特侍左右，备顾问而已。 建文中，改大学士为学士。”
这里的大学士，也就是朱元璋的秘书班子，也就是后来明朝大名鼎鼎的内阁制度的雏形。
内阁制度的发展
尽管这些大学士是离皇帝最近的人，但他们的官位品阶并不是很高，只有区区的五品，和一个知府的品阶差不多，没有多少实际的权利和威信。
这样的秘书班子，一直到仁宗皇帝朱高炽，都只是一个类似于秘书处的存在。但在宣宗皇帝时期，这个秘书处就有了比较进步的发展。
在此时，内阁被分为三殿二阁，分别是华盖殿、武英殿、文华殿三殿，二阁为文渊阁和东阁两阁，因此我们在史书和历史剧中，都有看到所谓的武英殿大学士和文渊阁大学士这样的称呼。
与此同时，在宣宗时期，内阁已经成为一种机构，甚至开始有了属于这个机构的分机构，——制敕房和诰敕房。每个房中，都配备有中书舍人若干名，官职皆从七品，隶属内阁大学士调遣。
朱元璋死后，他的继任者们就没有他那样勤奋和努力。因此在某种意义上，皇帝已经越来越依赖内阁，毕竟这些内阁大学士，经常在皇帝面前走来走去，帮助皇帝出谋划策，侍奉在左右。
日子就久了，皇帝也觉得给予这些经常帮助自己的人才五品的品阶有点过意不去，再加上，品阶太低的话，也不利于这些内阁大学士展开工作。但是祖制也不能破坏，所以在仁宗开始，内阁的五品制发生改变，每个内阁都兼任太师、太傅、太保，官职正一品和三孤（少师、少傅、少保，官职从一品），于是这个品阶的问题就很快解决了。
明宣宗去世后，就有太子朱祁镇继皇帝位。只有七岁年纪的英宗，是无论如何都没有办法在小小年纪就可以担任此重任。
在明朝，朱元璋定下规矩，女人是不可以垂帘听政的，就算是帮助小皇帝暂时管理国家，也只能在后宫进行。
因此在这个时候，内阁就担任了相当重要的治理责任。在此时，国家发生了任何事情，都会由六部写奏章到内阁，再有内阁的阁老们商议后，拟票写出对策和实施办法，上交给太后核实，再通过执笔太监，和掌印太监盖上朱印，此时再发放全国，开始实行。