皇帝的婚事，自然是隆重的。 但是，仅仅还不到一个月，吴皇后就被废。 取而代之的是王氏，即后来的孝贞皇后。 吴氏被废背后的缘由，一直为人所猜疑。 一种说法是太监牛玉专恣，讨厌太监牛玉的人想借机夺去他的权柄，故挑动皇帝废后。 皇帝自己的说法是吴皇后“举动轻佻，礼度率略”，且可能在册立时牛玉有舞弊的嫌疑。 然而，吴氏虽被废，但“舞弊”的牛玉却只是发配到南京的孝陵去种菜。 “牛玉舞弊”的说法其实是不成立的。 真正的原因是吴皇后得罪了皇帝宠爱的万氏。
年轻美貌的皇后并没有打动朱见深，而皇帝却依旧与贵妃万贞儿如漆似胶，形影不离。 由于朱见深对吴皇后不闻不问，吴皇后一气之下对万贞儿动用了杖刑。 此事很快就被传开了，并传到了皇帝朱见深的耳朵里，不能忍受心爱的女人受苦，血气方刚的宪宗下令废后，尽管有太后与大臣的阻拦，朱见深还是废了吴皇后，并处罚了阻碍他废后的大臣。 继立的王皇后，父为瑞安侯王镇，王皇后吸取了吴皇后的教训，对万氏的态度比较友善，不大理会万氏的横行霸道。 王皇后的明哲保身态度，以及皇帝对万氏的宠幸，使万氏成为成化朝后宫真正的主人。 成化二年，已经三十七岁的贵妃万贞儿生下皇长子，宪宗大喜，立即进她为皇贵妃，并许诺立其子为太子，又派出使者四处祷告山川诸神。 谁知偏偏天不从人愿，一年后，她的儿子居然夭折了，这也是她一生中唯一的儿子。
成化四年（ 1468 年）秋，出现了几次彗星。在古代，彗星的出现意味着不祥。于是，大学士彭时、尚书姚夔也上疏请求皇帝要扩大宠幸的范围，以广后嗣。皇帝表面上同意，但行动中依旧。万氏在宫中越发地骄横起来。太监中谁违背了她的意思，就立即被赶出宫去。宫中的妇女一旦怀孕的话，就千方百计命人进药汤，使其堕胎。但是，即使这样，朱见深对于万氏一直非常有感情。成化二十三年（ 1487 年）春，万氏暴病身亡。朱见深非常伤感，哀叹说：“万氏长去了，我亦将去矣！”辍朝七天，谥万氏为恭肃端慎荣靖皇贵妃。
