就这样，章惇在外数年，仍旧被旧党人员数度攻击。公元1093年（元祐八年），高太后崩。宋哲宗亲政，时年17岁，立马召回章惇，任为尚书左仆射兼门下侍郎（基本等同宰相位，哈哈，终于熬出头了）。
由于高太后垂帘听政时，刻意压制哲宗，又打压哲宗生母。数年积郁，终于爆发。在哲宗授意下，章惇将元祐年间的所改政令，全部恢复。又将之前反对新法大小官员，甚至已死的，一一清算（够狠）。章惇又想起当日司马光废新法之迅猛，更是愤恨无比，请求哲宗下诏掘其坟，斫其棺。过了啊，惇哥！哲宗虽恨，尚且理智，没有同意。
公元1097年（绍圣四年），在章惇提议下，哲宗追贬司马光，吕公著等人。随即又流放诸多旧党人员（好基友苏轼也在其列）到岭南（让你们也感受感受），后又建议派吕升卿、董必去岭南访察，要将贬谪的那些官员全部咔嚓。哲宗说道："太祖立不可杀士大夫之祖训，不可杀"。
章惇相权在握后，逐步恢复了元祐年间被废新法，并修正了不少新法之弊端。民生好起来后，就该在军事上有所行动了。1095年（绍圣二年），章惇中止同西夏间的谈判，派宋军主动出击西夏，几年间，大败西夏军数次，收复失地。最终宋夏和谈，西夏向大宋称臣。
公元1099年（元符二年），又派宋军出击吐蕃。几度交锋，宋军胜，吐蕃主陇拶出降。
公元1100年（元符三年），哲宗驾崩。太短命了，可惜，才25岁就没了。皇太后问可以立谁，章惇言："以礼律言之，母弟简王当立"。应当立哲宗同胞弟简王赵似。可太后不太愿意，又说："我没有儿子，诸王皆是神宗的庶出。"章惇就想那就没得选了："那就立神宗第九子申王赵佖（哲宗去世，申王为诸王之长）。"太后马上回道："申王有眼疾，不太好。"章惇此时无名火，正要继续说，结果被曾布呵斥："我们都听太后定夺！"结果太后千挑万选，那就端王赵佶吧（真怀疑太后是辽国派来的探子），等章惇见到入宫后的端王后，叹言："端王轻佻，不可以君临天下。"但也无可奈何。
宋徽宗赵佶
徽宗继位后，封章惇为申国公。但章惇早已看出赵佶不是干大事的主，三番五次请求去职，徽宗一直没同意。直到谏官们挖旧事，甚至称有谋反之心，徽宗才将章惇一步步贬官到了雷州，差点说不定就能和好基友苏轼碰上了（苏轼于前一年被朝廷大赦，从海南岛返回内陆），命运捉弄啊。
公元1105年（崇宁四年），章惇在贬居地湖州去世，享年71岁，葬于浙江长兴。
章惇为官时，从来不利用自己的权利赠送官爵给自己的亲信。四个儿子科举考试接连中榜，唯独第四子当过校书郎，其余都在州县任职，后世再也没有显赫高官了。
宋史中虽将其列入《奸臣》，可我以为不公。章惇从政数年间，虽有打压甚至迫害异见之同仁之举，但总的出发点是为了国富民强。相权在握时，民生日旺，开疆拓土，无一不是可以彪炳后世的大功绩。就徽宗继位一事，就可看出章惇识人之准。以私评忠奸，未免太过于草率。大家觉得呢？
