公元189年，汉灵帝去世，朝廷中大将军何进与宦官之间的矛盾也开始白热化，为了威逼何太后同意斩杀所有宦官，何进命令董卓率军进京，但在还没有进入京城的时候，又命令董卓原地待命，这个时候的董卓已经到了洛阳附近了。
马腾
董卓军队是朝廷安放在凉州用来对付叛军的政府军，一旦董卓进京，凉州的叛军就无法无天了，但是董卓在凉州时，是马腾这样的叛军有联系的，董卓进京前，还拉拢马腾与韩遂，让他们一起进京，董卓之所以这么做，是想借马腾与韩遂的兵力一起控制朝廷，显然董卓有更大的野心，但是马腾与韩遂没敢去，毕竟双方是敌对关系，马腾和韩遂也不知道董卓会不会骗他们，然后来个偷袭，所以他们不敢去。
董卓进京后控制了朝廷，然后不久因为关东联军联合起来反对董卓，董卓便将都城从洛阳迁到了长安，同时董卓还与马腾有过联系，直到公元192年，马腾和韩遂才率军来到了长安，但这个时候董卓已经被王允联合吕布杀掉了。
如果一定要说董卓和马腾有什么关系的话，那他们之间就是敌人的关系，同时私下里有联系。
董卓
从黄巾起义的公元184年开始，一直到董卓去世的公元192年，凉州地区就是一片混乱，东汉在凉州的统治基本上名存实亡，主要原因就是因为凉州叛军的力量一直很强大，其实马腾只能算凉州第三代叛军，第一代叛军是羌人北宫伯玉和边章，第二代叛军是王国、韩遂，第三代就是马腾。
叛军的势力在凉州一直比政府军强大，由于常年的战乱，政府设置在凉州的机构基本上都被叛军占领了，并且在凉州形成了军阀割据，其实凉州的情况与当时中原各州的情况是差不多的，不同的是中原各州是东汉地方政府军之间的战争，而在凉州是政府军与叛军之间的战争，还包括叛军之间的内讧，至于马腾和董卓，则各自代表了两个不同的阵营，当然他们之间也有勾结。
