虽然当时张献忠还没有占领四川全境，但整个四川已经被他认为是自留地，他已经在名义上承认李自成了，可李自成现在却要来抢四川，此时的张献忠就是被逼急了的兔子，在派孙可望去讨伐马科不利时，张献忠狂怒，亲自出马，不但赶跑了马科，还一路北上攻打汉中。
虽然张献忠被镇守汉中的顺军贺珍部击败，没能占领汉中，但因马科入川，双方的矛盾彻底不可调和，张献忠也对连最后的存身之地都不愿意给他的李自成彻底失望，这就是张献忠不顾唇亡齿寒的后果，看着李自成死的原因。
如果李自成在从北京败退回陕西后，赶紧的去和张献忠讲一番大道理，哪怕是忽悠，相信看到清军实力的张献忠也不会不管不顾，只要他麾下的十多万大军能出手，或者支援汉中的贺珍出兵，暂缓攻占四川全境，在陕西和清军纠缠，李自成就不会在湖广也站不住脚。
双方在反明之后再次联手反清是相当有可能的，清军消灭了李自成，张献忠就能独存？且张献忠和李自成所部的战斗力远远超过南明军队，对清军的威胁将会更大，有张献忠帮助，李自成只要守住本就留有重兵的襄阳、武昌等地，清军会被他们牢牢地拦在四川至湖广沿线的长江以北地区。
李自成在被清军压迫时，还派兵入川和张献忠抢地盘，这是很明显的不智行为，当时，在西北和西南地区，唯一能成为李自成抗清盟友的只有张献忠。或许李自成有把握守住陕西吧？如果能拿下四川，勉强还能维持秦朝和唐朝在统一天下之前的局面，三分天下有其一。
可是，李自成派马科入川不到两个月后，潼关和延安就分别失守，清军大举入陕，李自成主动撤离西安，老巢守不住，又得罪了唯一的潜在盟友，孤独的李自成只能独自面对清军的穷追猛打，他后来败亡得那么快，没准就源自于崇祯十七年九月突然脑抽了，把张献忠彻底推向对立面的行为。
