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波斯人有一支强大的舰队，掌握着制海权，但不知是什么原因，波斯人没有利用他们这一优势。他们既没有利用舰队去阻止亚历山大横渡赫勒斯滂海峡，也没能在阻止亚历山大占领小亚细亚沿海城市中有所作为。波斯人甚至想都没想利用这支强大的舰队去扰乱马其顿的后方，煽动希腊的反马其顿势力。
(亚历山大大帝)
亚历山大占领米利都之时，波斯海军曾想挑起一场海战，打击亚历山大的气焰。亚历山大的一些将领，特别是帕米尼欧，在陆战胜利的鼓舞下，也想在海上打败波斯人。帕米尼欧劝亚历山大向米利都港口外的波斯舰队发动进攻，因为有一只鹰落在亚历山大船尾的海岸上，帕米尼欧把这解释为海战的预兆，同时，他认为，如果打胜了，对整个远征有很大的好处，万一打败了影响也不会太大，因为波斯海军本来就控制了海上。他愿意亲自率领舰队和敌舰决一死战。亚历山大认为帕米尼欧的判断是错误的，他指出，用160只战船的小舰队去碰一支有400艘战船的大舰队，用那些缺乏训练的水兵去对付久经训练的由塞浦路斯和腓尼基水手组成的海军，简直是发疯。在毫无把握的情况下，他不能拿马其顿人的武艺和勇气去冒险。如果打败了，将会造成极大的损害，并会引发希腊人的暴乱。他还指出，那只鹰是落在陆地上的，这意味着，他将在陆地上打败波斯海军。
(海上安全一度让身处内陆的亚历山大不安)
亚历山大的分析是正确的，这证明亚历山大的形势判断和指挥才能都高出他的副手一头。他扬长避短，发挥陆军的优势。他认为，只要把沿海的波斯海军基地都占领了，也就等于打垮了他们的舰队。这就是他从陆地上征服波斯舰队的计划。他不让海军出战，下令严密把守米利都港口，阻止波斯海军登陆，切断波斯海军的淡水供应，波斯海军除在海面游弋外，无计可施，只好离开米利都。
(战争之初 马其顿依靠希腊盟友维持海军规模)
公元前334年夏，亚历山大干脆解散了他的海军，这一方面是考虑到这支希腊舰队根本无法战胜在数量上和质量上都占优的波斯人舰队；同时，他还担心希腊海军在战败的情况下会倒戈反叛；另一方面是财政困难，他没有财力维持这支舰队。解散海军后，他把从海军中抽出来的兵力补充到陆军中去，率军向米利都以南的卡里亚挺进，去夺取波斯人最后的海军基地——卡里亚的首府哈利卡纳苏斯。
哈利卡纳苏斯是波斯帝国从小亚细亚到爱琴海南部通道上的主要海军基地，战略地位十分重要。该城地势险要，城墙坚固，易守难攻。城外有一条45英尺宽、22英尺深的护城河，它向陆地的一面有三个卫城，包括西北角海岸上的萨尔马西斯要塞和西南部靠海的小岛上的“国王堡垒”。这里集中了大批波斯部队和雇佣军，港口则有战船驻守。守城的指挥官就是从格拉尼库斯河战场上逃脱的雇佣军首领迈农，他早已被大流士任命为下亚细亚地区的总督和海军的总指挥。迈农作好了一切准备，他不只是要守住该城，他的目的是配合大流士，使亚历山大处于两面受敌的境地。
(哈利卡纳苏斯城)
公元前334年秋亚历山大兵临哈利卡纳苏斯城城下并面向该城安营扎寨。亚历山大知道，该城不是一两天就能攻下的，但也不能长期滞留在这里，因为有腹背受敌的危险，因此，必须尽一切可能早日夺取这个战略据点。
