说起康熙时期基督教的传播，往往绕不开一个关键人物——利玛窦。
利玛窦来到中国以后，发现这个国家的国民有十分浓厚的“祖先信仰”及“儒学信仰”，前者导致中国人养成了独特的祭祖习惯，后者则主导了中国长达两千年的“中世纪”。基督教所崇尚的，是颇具唯心主义的造物主“天父”，这与中国人的传统信仰几乎是相悖的。
因此，在来到中国进行了一段时间的考察之后，利玛窦意识到：中国人既定的信仰是大清国体系的根基，想要予以打压无疑是痴人说梦。因此，利玛窦建议罗马教廷不要干涉中国的“祖先信仰”和“儒学信仰”，寻找基督教与中国原始信仰并存的新契机。
在利玛窦的倡议下，一场名为“基督教中国化”的运动浩浩荡荡地展开了。
传教士们引用儒学典籍，将“天父”一词翻译成“上帝”，将西方的造物主生搬硬套的融入中国文化，让中国人认为“上帝信仰”的由来是有依据的。最主要的是传教士们巧妙地让基督教与中国的封建专制建立联系：中国的皇帝都以“九五之尊”自居，称自己为“天子”。
什么是“天子”呢？
就是上帝之子。
可以说，他们这无疑是在向中国皇帝承诺，基督教就是皇权的拥护者和支持者。
不过，即便传教士们做好了一系列将基督教推广到中国的准备，想要让基督教获得皇家的支持还是相当困难的。
康熙在刚登基时，还没能主政。辅佐玄烨的是四大辅政大臣：鳌拜、索尼、遏必隆、苏克萨哈。在一番阴谋倒算后，鳌拜成了政权的主导人。
此时的鳌拜，对基督教乃至一切外来事物的态度是敌对的。
唐朝时期的中国皇帝，之所以引入基督教，也就是景教，有两个目的：一是因为唐朝高度开放的政策，二是因为随着基督教进入中国的还有领先世界的科技。封建时期的中国，以农业为根本，西方的天文历法对于农业发展的作用不言而喻。正因为基督徒的天文历法知识能帮助农业生产，所以，才获得了中国统治阶层的支持。
然而，鳌拜最信赖的是对天文历法一窍不通的杨光先。
杨光先是个极度排外的家伙，他提出了“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”的主张。在他的建议下，鳌拜准备将所有传教士全部驱逐。在“康熙历狱”事件中，汤若望被判处极刑，南怀仁则惨遭发配。可以说，这是中国基督教历史上最昏暗的时期。
好在，这段昏暗期持续的时间不长，康熙七年鳌拜及其党羽垮台，康熙帝主政，基督教在中国的发展迎来转机。说起来，康熙与传教士之间有相同之处，那就是：他们都曾受到鳌拜的欺压。正是这一相同之处，使康熙对传教士的际遇同病相怜，他决定为那些遭受欺压的传教士平反。
于是，康熙命人找回了被流放的南怀仁，然后，命令南怀仁与杨光先同时推算历法。前文我们提到，杨光先对历法一窍不通，二者高下立辨。于是，康熙重用了南怀仁。从这以后，康熙帝发现西方传教士在科学领域方面的建树，决定让它们来改变中国的发展。
“功成十字血成溪，百丈恩流分自西。
身裂四衙半夜路，徒方三背两番鸡。
五千鞭挞寸肤裂，六尺悬垂二盗齐。
惨恸八垓警九品，七言一毕万灵啼。”
这首《康熙十字歌》是康熙帝早年写就的，从这些文字中我们可以看出康熙对基督文化的了解比较深入，且做好了推广基督教的准备工作。康熙皇帝对基督教的推崇持续了几十年，这期间，虽有不少朝臣都提出反对，但康熙仍重用传教士，为一大批西方传教士发放“绿卡”，赋予他们合法身份。
但是，正当传教士及教廷都以为基督教可以在中国顺利传播时，康熙的态度突然发生了一百八十度大转弯——晚年的康熙突然宣布全面禁止基督教！
