于是，他全身心地投入了电磁电报机的研究。后来，他研制出了人类历史上的第一台电磁式单针电报机，还发明了一套电报电码。
1836年3月，从印度退役的英国青年军官威廉·库克（WilliamCooke）把一部希林电报机带回家乡进行研究。
在研究过程中，他请教了著名物理学家查尔斯·惠斯通（CharlesWheastone）教授。惠斯通欣然加入了这项研究。
1837年6月，两人研制出了比希林电报机先进得多的电报机，并申请了第一个电报专利（和莫尔斯的时间非常接近）。
同年7月，他们进行了五针式电报示范表演，信号传输距离约一英里。
1839年1月1日，他们发明了一种更先进的电报机，并在英国铁路公司的铁路线上投入使用。
1846年，库克和惠斯通成立了他们的电报公司。
目前，世界上的主流意见仍然将莫尔斯称为"电报之父"，道理其实和贝尔被称为"电话之父"一样，不是在于他最先发明了产品原型，而是他的原型更加成熟、实用，并且他积极推动了产品的普及。此外，继电器和摩斯码的发明，也为莫尔斯加分不少。
莫尔斯不得不进行艰辛的法律维权。1854年，美国最高法院维持了莫尔斯的专利主张，要求所有使用莫尔斯电报系统的美国公司必须向莫尔斯支付专利使用费。
在国际上，美国政府也帮助莫尔斯进行维权。
根据记录，美国驻巴黎大使想方设法从法国、奥地利、比利时、荷兰、俄罗斯、瑞典和土耳其等国家的政府那里收取了40万法国法郎（当时约合8万美元）的费用，全部给了莫尔斯。
1858年，横跨大西洋的海底电缆敷设成功。同年8月12日，美国和英国之间首次实现了越洋有线电报。
1861年，美国东西海岸成功通过电报相连。
1866年，第二条永久性的大西洋海底电缆铺成，从此海缆成为重要的通信工具。
晚年的摩尔斯，一直致力于从事慈善事业。他慷慨地资助了瓦萨学院、母校耶鲁大学以及各种教会，神学院，宗教社团。他还资助了好几位生活贫困的艺术家。
1872年4月2日，莫尔斯在纽约因肺炎逝世，享年80岁。逝世后，他被安葬在布鲁克林的格林伍德公墓。他留下的遗产，价值高达50万美元，相当于今天的914万美元，可以说是富甲一方。
除了金钱财富之外，莫尔斯一生还获得了世界许多国家的名誉荣誉。其中包括：土耳其苏丹授予的荣誉勋章、奥地利皇帝授予科学和艺术大金牌、法国皇帝授予的骑士勋章、丹麦国王授予的丹纳布罗格骑士团骑士十字勋章、西班牙女王授予的伊莎贝拉骑士团司令骑士十字勋章等等。
他还出现在许多雕像，匾额，邮票和肖像画上。
纸币上的莫尔斯（右）
