随后征服者穆罕默德二世率领禁卫军骑马走进教堂，一进大门儿立刻下马赞美。下令把教堂改为清真寺，在四周建起了四个宣礼塔。所以这个大教堂原来是没有那四个塔的，那是清真寺的宣礼塔，用泥浆盖住了原来画在墙上和穹顶上的这个壁画，移走了教堂里边基督教的圣像和圣物。
但是阴差阳错，这个泥浆对壁画起到了相当大的保护作用。此后相当一段时间，这里边都是伊斯兰教最重要的清真寺。奥斯曼土耳其虽然把教堂改成了清真寺，但是他们的宗教政策跟当时的天主教国家比相当宽容。鼎盛时期异教徒占到全国人口的三分之一，穆斯林士兵如果碰到投缘的俘虏，甚至可以抛弃种族宗教分歧，同吃同住，结拜兄弟。雅典的穆斯林碰到长久干旱，还会到这个帕特农神庙去。
风水轮流转，基督教文明经历了文艺复兴和启蒙运动，变得更具有人文主义。相比之下，伊斯兰教的土耳其越来越保守，到了十九世纪，土耳其眼见已经成了欧洲国家眼里的大肥肉，谁都在动他的主意。土耳其是十九世纪被群起而攻的三大帝国之一，另外两个是中国跟西班牙。终于到了一战，奥斯曼土耳其撑不住，战后解体，国父凯末尔把土耳其建成了一个世俗化的国家。
二十世纪三十年代，圣索菲亚大教堂在当了近五百年清真寺之后，被恢复原貌，改成了博物馆。凯默尔这么做其实就是想向西方国家表达一个意思，我不想当穆斯林国家的头。这个举措非常受西方国家欢迎，从此土耳其得到西方国家的包容，二战之后还进入了北约阵营，圣索菲亚大教堂的样子也就一直保持到了今天。所以今天的土耳其是最西化的、世俗化的穆斯林国家，而且伊斯兰教不是他的国教，土耳其法律没有规定国教，它只是全国百分之九十八的人口信仰伊斯兰教，所以在土耳其你也能买到酒，大街上也很少看到这人包着头什么的。
所以今天这个大教堂不仅仅是个景点或者宗教场所，它是土耳其放弃伊斯兰教为国教的一个象征。但是这几年土耳其极端宗教势力抬头，总统埃尔多安不止一次支持伊斯兰教的保守政策，这一次打算把大教堂改回清真寺，这里他的意思应该说是不言而喻的。
