《神雕侠侣》中，杨过十六年后归来，在羊太傅庙中救了郭襄，还计划着帮郭襄过生日。但黄蓉并不高兴，反而担忧杨过靠近郭襄，这到底是为什么呢？
因为黄蓉以小人之心度君子之腹，觉得杨过会伤害到郭襄。黄蓉母女与杨过有仇怨，害怕他报复在郭襄身上
杨过与黄蓉的恩怨可以追溯到上一代。当年黄蓉在铁枪庙当着欧阳锋等人的面，拆穿杨过的父亲杨康杀死江南五怪与欧阳克的真相，杨康恼羞成怒，打了黄蓉一掌，刚好打在黄蓉的软猬甲上有蛇毒的地方，中了蛇毒不治身亡。
虽然黄蓉不是有意杀害杨康，且杨康坏事做尽，死有余辜，但杨康毕竟死在她手上。郭靖与黄蓉一直向杨过隐瞒着当年的真相，导致杨过猜测连连。杨过从傻姑那里知道自己父亲死在黄蓉手上，且又不知道杨康的为人，于是就到襄阳城来找郭靖和黄蓉报仇。
当杨过被郭靖的为人感动，放弃报仇的时候，却碰见大小武为了争郭芙，到襄阳城外决斗。他为了化解兄弟两人的纠纷，就在他们面前谎称自己与郭芙有了婚约。郭芙觉得杨过毁了自己的名节，便去找杨过算账，两人打斗之间，郭芙砍掉了杨过的一只手臂。
杨过在神雕的帮助下，练成了玄铁重剑之后，因为对郭芙砍掉自己手臂的事情耿耿于怀，便趁黄蓉不注意抱走了刚出生的郭襄。郭芙和耶律齐等一伙人到古墓中去找杨过要妹妹，又用李莫愁的冰魄银针打伤了小龙女，导致小龙女病入膏肓，无药可救。
当时虽然已经找到了断肠草，可以解杨过身上的情花之毒，但杨过不愿意撇下小龙女独活。小龙女为了让杨过服下断肠草解毒，在断肠崖上立下十六年之约，偷偷跳崖自尽，导致两人分离了十六年。
所以，黄蓉与杨过有杀父之仇，郭芙与杨过有断臂之仇和杀妻之仇，母女二人身上背负着杨过三重仇怨。黄蓉对这些再清楚不过了，因此心中有鬼，害怕杨过“设下狠毒阴损的计谋”报复在郭襄身上。
黄蓉害怕杨过等不到小龙女，将气撒在郭襄身上
当年小龙女跳崖之后，杨过找不到她又发起狂来。黄蓉为了安抚杨过的情绪，让他服下断肠草解毒，根据小龙女留下的字迹“十六年后，在此相会，夫妻情深，勿失信约”，欺骗杨过说小龙女被南海神尼带走了，还说黄药师也曾经见过南海神尼。
然而事实是，世上根本没有南海神尼。小龙女当年已经无药可救，以常理来推测，说不定小龙女早已毒发身亡。黄蓉深知杨过的性子，如果等不到小龙女不知道要闹出多大的乱子，很可能会因此恨黄蓉骗自己苦苦等了十六年，甚至迁怒于郭襄，把气撒在郭襄身上。“但若他会不到小龙女，襄儿，你不知你杨大哥的为人，他发起狂来，什么事都做得出。”
也正因为如此，黄蓉也嘱咐郭襄，要是杨过等不到小龙女，最好不要和他见面了。
黄蓉“聪明反被聪明误”，以小人之心度君子之腹
黄蓉经常说害怕杨过“聪明反被聪明误”，实际上自己才是“聪明反被聪明误”。他们两人都是非常聪明之人，黄蓉第一次见杨过时就觉得他“贼忒嘻嘻”，觉得他聪明奸猾又不好掌控，所以就一直对他有所防备。
黄蓉能猜透世上许多人的心思，却唯独猜不透杨过的心思。更兼自己和郭芙与杨过有仇怨，而杨过的性子又难以捉摸，导致她总是对杨过胡乱猜测。当他听说郭襄与杨过有来往，杨过三番两次地帮郭襄，又打算为郭襄过生日之时，就觉得杨过别有用心。但她实际上是误会杨过了，杨过非常喜欢郭襄这个小妹妹，喜欢她都来不及，怎会害她呢。
她自始对杨过怀有偏见，一切都想得左了。其实杨过见郭襄温和豪迈，天真活泼，人又美秀，心中便甚喜欢，又想到她初生之时，自己曾为她舍生忘死之事，不禁充满了爱护之意，又见她对己真诚依恋，自此对她全是一片柔情美意。若有人加害，他便舍了性命，也要维护她周全。