首先，启用庶族侵犯了兖州本地大族的利益。
曹操进入兖州伊始就开始招贤纳士，特别是大量启用有才干而出身不高的人士，充当麾下各级官吏。在见到陈留人毛玠之后，更是任用他为治中从事，为自己的左臂右膀，并且主持人才的选拔和任用。
毛玠为人清廉，注重实用，因此他提拔的官吏摒弃门第出身，专注才干。在他进入曹操幕僚之后，大量的青年才干均得以提拔，充实到兖州各地。
曹操这一行为极大的刺激了兖州当地大族阶层的利益，引起了他们强烈不满，但是碍于曹操强大军事实力，只得小心隐忍。
其次，诛杀名士激发兖州本地大族的强烈不满。
名士边让是汉末大名士，足以和当时的孔融齐名。作为名士的边让擅长对天下人物进行点评，当然这就包括曹操。曹操出身不好，以前和边让一起在大将军何进家里做客的时候，没少被他排挤，挤兑甚至折辱，那个时候的曹操地位低微，名气也没有边让高，并且看在何进的面上，也是忍耐有加。
时至今日，曹操已经贵为兖州之主，而已经弃官归乡的边让依然没有闭住他的大嘴巴，还是到处说曹操的不是，左一个阉宦之后，右一个腌臜后代，逞口舌之快。此时的曹操早已不是先前不名一文的曹操，而是手握生杀大权的一州之主。
曹操再也无法忍耐在他辖区内还有一个到处辱骂他的人存在，于是下令当时的陈留太守将边让当场杖毙。
曹操是痛快了，但是兖州本地大族们听闻这个噩耗之后，如考丧比一般，无法相信这个昔日他们拥立的曹操居然是如此的残暴，如此不通人性。
因此，兖州士民已经开始私下联络，等待机会。
最后，屠戮徐州为父报仇。
公元193年9月，避难琅琊郡的曹嵩，也就是曹操的父亲从往兖州而来，毕竟儿子曹操在兖州站稳了脚跟，应该是一个理想的避难所。
可是祸不单行，当曹嵩路过泰山郡的时候遭遇拦路抢劫，结果财物被抢劫一空，曹嵩以及奴仆均被杀。这事极大的惹恼了日盼夜盼的曹操，愤怒的他立即下令征讨徐州陶谦。
徐州陶谦那里是曹操虎狼之势的对手，一时间，徐州连连失城，而怒不可竭的曹操下达了屠城令，徐州泗水之间，水为之不流，鸡犬相闻，但是百里无人烟。
曹操的屠城令极大的惊吓了兖州士民，让他们后悔不止，原本就只想着保境安民的兖州士民现在又遭受曹操如此残暴的屠城令，更是让他们胆战心寒。在他们看来，曹操的所作所为完全超出了一个仁义之师的范畴，更不是一个仁君所赋予的含义。
原本就就对曹操在兖州倒行逆施不满，再加上曹操肆意杀戮，导致兖州本地士人联合起来。因此，以陈宫为首的兖州大族联合逗留在张扬处的吕布，连夜在兖州发动叛乱，一时之间，整个兖州风起云涌，除了鄄城、范、东阿不动外，其他郡县要么反叛曹操，要么处于中立状态，至此曹操的根据地仅仅只剩下三城维持着。
经此一役，曹操损失惨重，最后历尽数年才将兖州从吕布手里夺回，可是元气大伤，又经过几年才逐步恢复。
经过兖州惨痛教训之后，曹操每占领一地，在对待当地人才以及治理方面大为改观，不再像以前那样简单粗暴，即使类似如祢衡这样的张狂之士，曹操也是忍耐有加，而不是一杀了之，而是采取了更好的方法来处理，从而减少了对立面；即使后来遇到长子曹昂被杀，爱将惨死也是顾全大局，招降张绣。等等这一切，曹操都是从兖州之变中吸收的经验教训。
总而言之，兖州即是曹操立国的基础，他是从这里开始并发展起来，而他的经验教训也是从这里吸取的，正是有了兖州之变的教训，才给与了曹操更大的舞台来发展和壮大。
失败是成功之母，在历尽低谷，起步，再起，然后成功，一路走来无不充实着兖州惨败的影子，这也是曹操成功的基础吧。
