明南京城墙形制不规则，这在我国历史上是一个空前绝后的特例，对此，有如下的一些说法：军事需求。布衣身世的朱元璋是靠战役攫取全国的，因而，军事需求就成为南京城墙构筑的重要指导思维。“高筑墙”是明初重要的防护思维，其具体做法便是“依山傍水”，使用现有的地势构筑城墙，到达最大的防护作用。朱元璋在京城城垣的规划上，部分采用了国都以矩形为主的古制。
明南京城垣包含了南唐和南朝矩形城址，一起向东扩建的皇城，也为矩形，向北避开玄武湖，向西错开，扩展形成了另一个矩形。北半城沿着天然山水走势筑城，把城西一系列小山丘如石头山、古平岗、马鞍山、华严岗、四望山包含在内，将鸡笼山、狮子山、覆舟山、富有山等山脉制高点悉数括入城内，并把前湖、玄武湖和琵琶湖，别离作为护城河。西南双面则以外秦淮河为护城河。
毫无疑问，这样的国都布局最有利于军事防护。皇权至上思维。关于京城城墙的形状，有的说它为“现在所见到的壶状(葫芦、瓶)形状”，隐喻了道教以壶天、壶中为圣地，以壶公为神仙的思维；有的说它“周边跟着地势弯曲围合而成，其总平面西北窄，东西宽，呈宫扇形”；还有的说它“呈非方、非圆的不规则多角不等边的粽子形”；更有人以为，它按照天上的星宿布局，十三个城门对应了十三个南斗斗极星，表现了朱元璋“皇权至上，永为人主”的愿望。其实，新设的城门放置何地，均有其内涵的原因。
如介于石头、马鞍二山之间的定淮门，是明清时柴草买卖场所，也是大江南北的交通要道。太平门在富有、覆舟二山之间，明代司法组织及明初常遇春、李文忠、徐达等功臣墓均在钟山之阴，都需从这儿收支。朝阳门是通孝陵的必经之路。仪凤门在狮子山西侧，是收支长江必经之路。明初，特别是刚占据南京时，朱元璋及其将领仍是一帮农人起义军，他们更重视有用，他们完全是依据作战的经历和防护的需求来构筑城墙。即便他们受到了一些知识分子的影响，但朴素的有用理念仍主导他们的思维。可见，所谓南斗斗极，并没有多少令人信服的依据。