所以，侯生、卢生悄悄地带着从秦始皇那里领来的金钱，相约逃走了。秦始皇大为盛怒，他以为自己对卢生等恩赐丰盛，待遇尊隆，而侯生、卢生竟然用这样狠毒的话来诋毁自己，还竟然逃走了，决定要狠狠地惩治他们。所以秦始皇下了一道指令，叫御史大夫去查处那些在背面诋毁他的读书人。被抓去详细询问的人，受不了严酷的惩罚，为了给自己摆脱，就一个一个的牵出其他人，攀来攀去，一会儿查出来有四百六十多个方士和儒生犯有嫌疑。
秦始皇一怒之下，也不详细详细询问核实，就叫人在咸阳郊外挖个大坑，把他们全都给活埋了。其实四百六十多人傍边，真实对立秦始皇的只需少数人，大多数人都是含冤死去的。始皇的长子扶苏觉得这样做太残酷了，他对秦始皇说，全国初定，远方黔黎没有安靖，“诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐全国不安”。秦始皇对自己的残酷不只没有一点点觉悟，相反还将扶苏贬到上郡。
秦始皇的焚书坑儒，从史书的记载上看，现实比较明晰。但有人以为这件工作的通过还存在着一些问题，如秦始皇终究坑的是谁?
章太炎、顾颉刚等大师指出，焚书确是现实，但坑儒是没有产生过。秦始皇发怒是冲着方士的，按道理来说其时坑的四百六十个是方术之士而非“诵法孔子”的儒生，至少可以说四百多人中儒生很少。《盐铁论》说：“燕齐之士释锄耒，争言神仙方术，所以趣咸阳者以千数。”坑杀者中没有方士，无论如何是说不曩昔的。
秦始皇时期，儒士在社会上的位置比战国更有所提高，坑方士后，对儒生的社会政治位置并未形成什么影响。之后始皇东巡，齐鲁区域的70位儒生被任命为博士，跟着他到泰山举办封禅。到了汉代，儒家对这件事也不非常介怀，很少有人谈起。西汉中期时，人们谈到这件事，也仅是说“坑杀术士”，没有人说是坑杀了儒士。
初次将这件事说成“坑儒”的是西汉始元六年(前81)的桑弘羊，然这时离工作的产生远达一百多年，说法的准确性是令人置疑的。但这种讲法却为子孙许多人承继，并且越传越烈。尽管如此，一些儒学咱们对此仍是比较慎重，如韩愈、苏轼等人依然称其为“坑杀学士”、“屠术士”。
大多数人以为坑儒是存在的，这四百多人中儒士占了大多数。并且从一些史料的记载来看，秦始皇的坑儒如同还不止一次。唐朝颜师古注《汉书·儒林传》和孔颖达《尚书正义》中引录东汉卫宏《诏定古文尚书序》说：“秦始皇焚书今后，忧虑全国人不依照他公布的法则去做，遂召诸生，但凡到咸阳的一概拜为郎，前后有七百人。不久密令冬季在骊山坑谷比较温暖处种瓜。比及瓜成果老练，他诏博士、诸生议论这件事。冬季种瓜，儒生们真实搞不清楚，各人谈各人的观念，乱糟糟的。
所以始皇让咱们前去观察，预先派人在这个当地设置了一个机关。诸生贤儒来到后，咱们仍是相互论难不止，始皇命人触发机关，从上面将土往下填，不一会儿众儒生悉数被压在下面，没多少时刻就没有声气了。”卫宏的记载，当然是得之于风闻，并且这件工作《史记》没有记载。与前面的“坑儒”不知是否为一件事，今日因没有佐证而无法知道。
骊山温谷从此又名坑儒谷，汉代又把这儿叫愍儒乡。有学者考证，该谷在今临潼县西十公里的洪庆堡，洪庆堡曩昔又名灭文堡。又据刘修明先生实地考察以为，坑儒谷当在今临潼西南五里处的一个细长幽静的山沟里，其地“温泉流脉纵横，瓜果能不按时节而生”。山沟两头都是高坡峻岭，只需投下黄土石块，守住谷口，进的人，别说是数百人，即便是数千人也相同逃不出来。
也有人以为秦汉时期的儒生兼事方术，方士也或许兼事儒术。侯生、卢生为秦始皇寻仙药，明显他们是术士，但他进犯秦始皇的那段话，口气与儒生如出一辙。从其时的实际情况来说，始皇迷信方术，单纯的儒术明摆着吃不开，所以儒生兼习方术或弃儒专事方术应是很有或许的。
“焚书坑儒”对社会开展是否有利，也是一个前史之谜。
