而在建文四年，力阻燕军南下，在齐眉山大败燕军的魏国公徐辉祖却因是朱棣的妻弟而遭到建文帝的猜忌，建文帝将其召回南京，使得好不容易有了转机的局势再度恶化了起来。徐辉祖被召回后，燕军所向无敌，南军溃不成军，直至南京被攻破。而被建文帝所猜忌的魏国公徐辉祖却在南京被围时，仍组织抵抗。城破后，面对被朱棣的召见一言不发，因而被废除爵位，圈禁至死。
最后，建文帝个人性格的柔弱也是他失败的一个重要原因。
史载，建文帝性格温和，至孝仁厚，并且聪颖好学。这样的性格作为守成之君尚可，但在与燕王的战争中就显得“仁柔少断”了。
在靖难之役中，朱棣多次冲锋在前，也正因如此，他也数次身陷绝境，几乎必死。但建文帝却给南军将领士卒们下诏，说“近尔将士与燕王对垒,无使负杀叔父之名”。正因此诏，使早就应成为南军“刀下之鬼”的朱棣多次死里逃生，甚至借此为北军充当前锋和殿后，而南军在作战中则束手束脚，顾虑重重。
建文朝廷和建文帝一系列的错误，使得朱棣积蓄了力量，在获得战场胜利的同时还多次死里逃生，并最终导致了朝廷被推翻，建文帝下落不明。因此，朱棣的成功，很大程度上是由建文帝和朝廷在削藩上急于求成，缺乏大略方针，用人失当以及建文帝自身柔弱的性格所致。
