说明朝的穷，第一个致命问题就是税收。明王朝税收里有一个重要漏洞，就是士绅以及公爵王室可以免税。也就是说，整个国家的税收，都是由中下层来完成。这个政策后来越发被人钻空子，比如土地税，许多地主都把田地寄放在有免税特权的地主家中，美其名日为“寄主”,以用来逃避赋税。
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而后来明朝土地兼并严重，大量地主阶层兼并土地，他们拥有广阔的土地却不用缴税，无地的农民，反而要承担苛刻的税赋，因此民变也就不断。到了明朝“弘治中兴”的时候，明王朝可以用来收取农业税的土地，已经由朱元璋时期的800多万顷下降到此时的400多万顷，整整缩小了一半。
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明朝经济的重新整合，开始于张居正之前的隆庆皇帝朱载垕在位时期，当时主政的大学士高拱，已经开始在全国进行《一条鞭法》的试点，河南、江苏、安徽，首实行《一条鞭法》,几年之后张居正推广全国，已经是水到渠成。在《一条鞭法》之前，中国老百姓缴纳的主要是实物税，《一条鞭法》实行后，就变成了货币税，从经济方面来说，这不仅发展了国家的商品经济，也提高了货币流通效率。
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在《一条鞭法》实行的同时，张居正大刀阔斧，开始了全国的清丈土地，主要是清查那些用各种名义寄存、偷税漏税的土地。清丈的结果，就是明王朝可用来征收赋税的土地，由过去的400多万顷，变成了此时的700多万顷。虽然不及朱元璋时期，但是税收效率却远高于那时，因此这也是明王朝税收效率和税收总数最高的一段时期。
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张居正改革的最高峰时代，明王朝的年税收是800万两，如果结合当时白银的购买力，不但远高于明王朝建国时，也远高于清王朝康乾盛世时，这可以说是中国封建王朝历史上税收最高的时候。但是张居正的改革，在1582年他去世后遭到了废止。万历在位的后期由于大批东南商人背景的官员当职，开始了对商税的调整，将主要的商税，分摊到了中小商人身上，大商人们通过与势豪大户的合股经营，获得了免税的特权。
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万历后期商业勃兴，万历也希望增加商业税，但他采取的是简单粗暴的办法，即派太监做“税使”收税。这样的做法自然收上了钱，却让大批中小商人破产，更开罪于商人，因此举国反对，除了太监以及万历本人捞了钱外，几乎是得罪一大片，对商品经济的打击也是惨重的。
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到了明朝末年，特别是崇祯时期财政之所以困难，主要是因为两个原因。第一是土地兼并以及连续的天灾，导致国家无法收上农业税。明末极端天气四起，陕西、山西河南、河北，瘟疫灾害不断，百姓流离失所，他们的税收，也被转嫁到了其他无灾的地区。到了崇祯当政时，国家可以用来收取税赋的土地，已经下降到了300多万顷，内忧外患下要增加赋税，自然激得民乱四起，恶性循环。天灾，收税范围少；税重，王朝的根基，自然就摇摇欲坠了。
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和土地兼并同样重要的问题，是明王朝失去了对国家最富庶的东南地区的经济控制。明末东南，是商品经济最发达的地区，也是偷税漏税最严重的地区。东南海商云集，但此时的海商们，大多选择了与当地有免税特权的家族合伙，,以达到免税的目的，这样的结果就是民富国穷，农民和中小商人成为了税收的承担者。