诸葛亮的神机妙算在野史上那是非常有名的，据说明朝初年的刘伯温也是神机妙算，而且刘伯温也是心高气傲，对诸葛亮很是不服气，于是就带人去挖诸葛亮的坟，待到掘地三尺之时，发现线装之孔明神算一本。刘伯温翻开一看，上写赫然写着：”学生伯温，我知后世有你，你可知前世之为师孔明“。
当然，上面只是野史传闻而已，但也充分说明了诸葛亮的神机妙算；关于诸葛亮神机妙算的才能，主要体现在小说《三国演义》中，诸葛亮刚出山辅佐刘备时，就算出不久之后必有大变，乃是刘备的崛起之机，果不其然，不到一年的时间，曹操率兵南下伐荆州，而荆州牧刘表此时却恰巧病逝，曹操就这么白白得了荆州。
在曹操得了荆州之后，志得意满之下，欲趁势直接灭了东吴，完成一统天下的大业；就此，赤壁之战就此展开，而刘备也正是靠着赤壁之战，夺取了荆州，有了自己的根据地。而且诸葛亮还料到周瑜想要加害自己而预先让赵云驾小船来接应，回刘备营中后调遣关羽张飞赵云对曹操进行追击，策划出关羽华容道的典故。
而以上只不过是关于诸葛亮神机妙算的一个典型例子而已，在书中关于诸葛亮神机妙算的描写数不胜数，也难怪周树人在读了《三国演义》后会说“刘备之德近乎伪，孔明之智近乎妖”；但其实，诸葛亮虽然被称为神机妙算，但其实，至少有三件大事诸葛亮没有算到，而且这三件大事都很致命，以至于“克复中原”的梦想成空；现在来看看是哪三件大事吧。
第一件：关羽丢荆州
关羽丢荆州是诸葛亮万万没想到的，或者说是有感觉不妥，但终究还是让关羽独自镇守了荆州；如果他早知道关羽会不顾荆州而北伐曹魏的话，那他肯定会死谏刘备，不让关羽独自镇守荆州。但诸葛亮失算了，在刘备与曹操争夺汉中时，荆州北面也不太平，关羽独守荆州久矣，难耐寂寞，于是挥兵北上。
起初关羽的进展还极为顺利，水淹七军斩庞德擒于禁，救援樊城的魏军全军覆没，曹仁驻守的樊城也岌岌可危。加上许都以南的诸多山贼纷纷遥受关羽印号，为关羽的支党，甚至连曹魏的荆州刺史胡修、南乡太守傅方也投靠了关羽，关羽的声势一度威震华夏。刘备和诸葛亮见事情顺利，也就没让关羽撤军了。
但没过多久，形势就急转直下，东吴的吕蒙率军偷袭荆州，打了关羽一个措手不及；在刘备和诸葛亮还没反应过来的时候，荆州就已经被东吴占了去了，而且就连关羽也被斩杀了，损失不可谓不大。丢失荆州的影响到底有多大，估计知道“隆中对”的人都应该知道吧，也难怪刘备知道后，不惜一切也要伐吴，也就导致刘备兵败夷陵，并死于白帝城。
第二件：马谡失街亭
马家在襄阳很有名，马谡一共兄弟五人，他在兄弟中排行最小。马谡兄弟都有才华和名气，并称为“马氏五常”。马谡最初以荆州从事的身份跟随刘备进入蜀地，先后任绵竹县令、成都县令和越嶲太守。马谡才气器量超过常人，喜好议论军事谋略，丞相诸葛亮对他深为器重。
刘备临终之时对诸葛亮说：“马谡言语浮夸，超过实际才能，不可委任大事，您要对他多加考察。”诸葛亮还认为不是这样，让马谡担任参军，时常接见一起谈论军事谋略，从白天直到黑夜。后在诸葛亮平南中的时候，马谡还给诸葛亮说“用兵作战的原则，以攻心为上，攻城为下；以心理战为上，以短兵相接为下”，诸葛亮觉得很不错，便采纳了马谡的建议。
