失去委内瑞拉后，玻利瓦尔去了库拉索岛。在那儿，玻利瓦尔进行了反思，重申了美洲大陆必须统一的思想，美洲的解放和美洲各国未来的命运要求所有的革命者永远抛弃利己主义和地方主义的猜疑。同时，他又决心找出委内瑞拉革命失败的原因，以此作为教训提供给共和派。
在新格拉纳达所处的短期内，他在军事上也取得了不小成就，几次要打败保皇派，并在库库塔战役获胜，而被提升作准将。在那一时期，一位名叫拉斐尔。乌达内塔的委内瑞拉上校给破利瓦尔写了一封信，信中说:“将军，如果两个人就足以解放祖国的话，我愿意跟随您左右。”从而坚定了玻利瓦尔率军打回委内瑞拉的念头，因为此时他拥有了一支战斗力很强的部队，而且所有居住于新格拉纳达的委内瑞拉人，都公认他为领袖。于是新政府在1813年5月7日下达了进军委内瑞拉的命令。
但事情总是充满了曲折，玻利瓦尔在第二次获得胜利后，由于部队孤立无援，难以与西班牙军队进行持久抗争，到了1814年底，整个委内瑞拉再次落入了保皇派手里。玻利瓦尔只好像1812年一样，玻利瓦尔又回到了新格拉纳达。在1815年5月他又前往牙买加，呆了7个月，进行了阅读和思考。作为思想家，这段流亡时期他颇有收获，他那篇光辉的书信《发自牙买加的信件》，对委内瑞拉及美洲革命的经历与前途作了总结和估计)就是在金斯敦写成的。
三、哥伦比亚共和国
1816年和1817年，玻璃瓦尔领导的独立事业一直受到挫折，接连的失败让一部分人离开了他的队伍，但这些磨难也让他更加强大他坚信“一个事要做好，就必须经历上天的多次考验。”因此，尽管他接连失败，但他仍坚毅而勇敢地为自己的伟大事业而奋斗。
1818年初，玻利瓦尔第三次进军加拉加斯，截击并打败了莫里略而迫使他匆忙地撤向中部地区。在1818年末，玻利瓦尔在长期奋斗，重建共和国这一任务临近完成之时，做了两件大事:削平山头，消除了军事割据者各自为政的局面，重建了国家的法律制度。随着共和国威望的日益提高，原先站于保皇派的土生白人游击队越来越多地投奔到它的旗帜下来了。
到了1819年初时，玻利瓦尔已能致力于从政治上和思想上重建共和国的工作了。在他的组织主持下，下1818年底选举出的国会在1819年2月15日召开了第一次会议。他发表演说全面准确地表达了他的政治思想——建议设立民选的众议院与世袭的参议院，以及一位由人民选举出的终身总统。
同时，玻利瓦尔还积极为出兵新格拉纳达作准备。1818年8月15日，玻利瓦尔在一份通告中向新格拉纳达的居民宣布:“在太阳转完这个周期之前，祭祀自由的神坛将遍及你们的土地。”
1819年6月，玻利瓦尔率领部队翻过了白雪皑皑的险峻的安第斯山，进入通哈省，随即在巴尔加斯沼泽地打败了巴雷罗的西班牙军队，接着在博亚卡，8月17日，爱国者军队大获全胜，俘敌1600多人。萨马诺总督仓皇逃离了波哥大，10日玻利瓦尔就占领了该城。1821年6月玻利瓦尔占领了加拉加斯以西的卡拉博博平原，使西班牙远征军遭到了沉重打击。这样，到了1821年底，除了卡巴略港与科罗省之外整个委内瑞拉与新格拉纳达都获得了解放。
8月30日玻利瓦尔在库库塔举行的国会，颁布了新宪法，宣布哥伦比亚共和国成立了。
四、玻利维亚的建立
在建立哥伦比亚共和国之后，玻利瓦尔一心一意要向基多和秘鲁进军，因为他的行动服从一个信念：只要西班牙人在美洲有一个重要据点，那么整个大陆的独立都受威胁。1822年7月11日解放者玻利瓦尔到达爪亚基尔，在那儿与从阿根廷打了过来的圣马丁进行了会晤，就一些与南美洲解放的有关问题进行商议，并最后就军队指挥权达成相同意见，即由玻利瓦尔统一领导军队，解放保皇派占领的地方，而圣马丁则功成名就，隐退于欧洲了。
