而在地方上，三四分立固然能够防止一家独大，消弭离心隐患，可这样也造成一旦有事，各司相互推诿观望，严重拉低行政效率，久而久之，容易造成“窥伺者易动，结聚者难除”的局面。
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为了解决极端集权所造成的中央及地方上的各种问题，明代后来的继承们在表面上遵从祖制的情况下，不断的对政治体制进行微调，总结起来也分中央及地方两方面。
朱棣打着维护祖制的旗号起兵靖难，但在夺取帝位一个多月后，就做了一件一定程度上违背祖制的事。
“八月壬子，侍读解缙、编修黄淮入直文渊阁。寻命侍读胡广，修撰杨荣，编修杨士奇，检讨金幼孜、故俨同入直，并预机务。”
重点在“预机务”，前面说过，殿阁大学士在洪武时期早已有之，但彼时的大学士仅仅只是担任秘书参谋的角色，没有固定的办公地点，更不能主动接触政务。而这次朱棣所任命的大学士，却是赋予了他们参与机务的权力，“机密所系，裨益不在尚书下也”，也正是从这一刻开始，后世所熟知的内阁制度被正式确立。
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永乐以后，历任皇帝不断给内阁加权，使他们掌握“票拟权”，公开的代皇帝处理天下政务，宣德以后，英宗年幼，内阁大臣更是兼顾辅政大臣这一角色，威权日渐加强，至正德年间，内阁大臣杨廷和已经公开宣称阁臣“虽建官无宰相之名，而责任有钧衡之重”。
当然，“分权制衡”这是老朱家的祖传技能，历任皇帝在给内阁加权的同时，也在不断扶持内阁的竞争对手，这个竞争对手就是——司礼监。
司礼监设立于洪武十七年，最初是掌管御前勘合的衙门，属于内十二监之一，也就是说向它这样的衙门还有十一个。宣德年间，明宣宗开设旨在培训宦官知识分子的内书堂，并给予司礼监一媲美内阁的权力——批红权。明宣宗的目的显而易见，就是要在内宫打造一个“镜像内阁”，事实上，司礼监无论是从权限还是地位都直接对标内阁。
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内阁有首辅，司礼监有掌印太监；内阁有次辅，司礼监有提督东厂太监，至于其他的内阁大臣，对标的是司礼监的秉笔太监、随堂太监。这还不够，哪怕是在司礼监内部，也存在制衡，比如司礼监掌印太监掌司礼监大印，是一把手，但二把手提督东厂太监却权力更重。
“掌印秩尊,视元辅;掌东厂权重,视总宪兼次辅。其次秉笔,其次随堂,如众辅焉。”——《酌中志》
再说地方上，明宣宗时期为了解决地方上三司并立，互相肘掣的问题，开始在东南等一些重要省份派遣中央官员担任巡抚，此时的巡抚只是差遣官，无品级，不常设。但随着承平日久，社会矛盾的进一步加剧，巡抚由不常设逐渐变为常设性官职，到了弘治时期，除了浙江福建南北直隶外，其它身份都已设有巡抚，并且逐渐规范化，常驻地方。
巡抚代表中央在地方开府建衙，军政一把抓，三司逐渐沦为巡抚的下属。巡抚本质上与内阁一样，内阁虽然行使着宰相的职权，但毕竟不是宰相，有实无名；巡抚亦然，虽然实际上管辖着三司，但名义上地方的首脑仍然是三司长官。
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所以名义上内阁统辖不了六部，只能票拟后通过司礼监的批红，才能以皇帝的名义对六部行使权力，巡抚也不能直接差遣三司长官，而是必须上奏得到允许后才得以代天牧民。
不管是司礼监内阁越好，巡抚也罢，都是属于有实权无名义，而能够给他们名义，让他们光明正大行使权力的只有一个人，那就是皇帝。也正是有这些重重制衡，才使得皇帝能够从浩繁的政务中抽出身来，而又不担心大权防落。
有了这些既省心又放心的下属，皇帝自然惰性日增，这也导致从成化到天启，一百七十多年的时间里，皇帝召见大臣的次数屈指可数，譬如嘉靖万历，二十多年不上朝，就连明代出了名的仁君明孝宗，也曾经创造过十年不召见外臣的记录。
