玄武门之变中，李世民顺利除掉了李建成和李元吉，又在后来逼李渊下台，然后登基为帝。成为皇帝李世民自然不会忘了论功行赏，其中，秦琼被封为正三品的左武卫大将军，食实封700户，考虑到他之前有个从一品的翼国公爵位，加之后来秦琼在凌烟阁二十四功臣中排名最末，很多人据此认为秦琼受到了李世民的薄待，而这种薄待是因为秦琼并没有参加玄武门之变。
先不说这个结论是从哪里得来的，至少两唐书中都有秦琼参与玄武门之变的明确记载，他作为秦王府的一员，作为李世民身边的得力干将，要说不支持李世民而忠于大唐，这显然是不可能的，秦琼固然忠于大唐，但在夺嫡这件事中，他不可能置身事外而拒不参加。
如果秦琼真的对李世民有异心，那根本不可能一直跟随在李世民身边建功立业，贞观年间也不可能成为正三品的左武卫大将军，死后也不可能得到“太宗特令所司就其茔内立石人马，以旌战阵之功焉。”的殊荣，更不可能被列入凌烟阁二十四功臣。这一切都说明李世民对秦琼是极为看重的。
而秦琼之所以在凌烟阁二十四功臣中排最末是有原因的，首先凌烟阁功臣所谓的排名其实更多的是根据官职大小来排的，而功臣名单则是考虑到了三个方面的建树：平定天下、玄武门之变和治理天下。由此选出了二十四个人，然后根据他们当时的官职（已经去世的则考虑死后追封的官职）来进行排名的。
由此，秦琼排到了最末，是因为他的官职在功臣名单中是排最末，我们都知道，李世民登基之后，秦琼虽然担任左武卫大将军，但基本就是处于半退休状态，大部分时间就在家中养病。
不管这病是真是假，贞观年间他几乎没干什么事，自然官职也几乎没有变动过，正三品的左武卫大将军就是他的极限，一直到他638年去世被追赠为徐州都督，五年后还能被李世民纳入凌烟阁功臣之列，这本身就很能说明李世民对秦琼的看重的。
既然如此，我们再回过头来看为何李世民登基之后，秦琼被封为正三品的左武卫大将军，而他原本在武德年间就已经有从一品的翼国公爵位了，这是不是一种降低呢？其实并非如此，秦琼在武德年间是一直呈上升趋势的，毕竟战功摆在那里，谁也抹杀不了，而且爵位和官职本身就不是一回事。
唐朝的官员品级实际上是九品三十级，其包含的品阶有这么几种：职官、文武散官、爵位、勋位等。其中职官是真正的职位，而其余的基本就是没有具体工作的荣誉职位，代表的荣誉，看起来位高实际没有实权。就拿秦琼来说，秦琼在武德年间既有爵位又有勋位，同时期的罗士信、程知节都没有这样的殊荣，更不用说降唐比较晚的尉迟敬德了。
秦琼在战场上的拼劲是有目共睹的，包括他在隋将来护儿军中以及后来的瓦岗军中，都是相当拼命的，更不用说投唐之后的表现了。
秦琼投唐后最先的职位是马军总管，在投唐的同一年，他跟着李世民攻打宋金刚，其中美良川之战中，秦琼和殷开山成功击败了尉迟敬德的大军，在这一战中，秦琼立功最多，因此李渊赐给了秦琼金瓶，还亲自用言语表示对秦琼的信任，李渊说：
“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。”
紧接着将秦琼任命为正四品上的秦王府右三统军，等到打败了宋金刚之后，李渊再次对秦琼进行了奖赏，这一次赏的是黄金百斤和杂彩六千段，然后因功授勋，加封秦琼为上柱国，这样的勋位在当时的猛将中是独一份的。由此可见秦琼在此战中立下了怎样的战功。
也正是这一战中，尉迟敬德最终降唐，也成为李世民身边的一员猛将，和秦琼、程知节、罗士信等参与平定王世充和窦建德之战，其中秦琼、程知节、尉迟敬德、翟长孙分别统领李世民的玄甲军，在虎牢关之战中立下赫赫战功，等到王世充和窦建德两大势力被平定之后，朝廷再次论功行赏。