此时，司马睿想要坐稳龙椅，就必须巴结那些帮助他的北方世族。对于南渡的北方世族来说，司马睿不过是又一个傀儡皇帝罢了。不过，司马睿或许是我国历史上最有发言权的傀儡皇帝。因为，王、庾、桓、谢四大家族相互制衡，被夹在其中的司马睿能够以“共主”的身份予以调和。所以，司马睿比古代的大多数傀儡皇帝都要滋润，起码表面上四大家族的重臣不会与他唱反调。
这种平衡看似微妙，实则祸患无穷。
世族所拥有的特权在司马睿执政时期达到巅峰，世族可以打着皇室的旗号圈地封山榨取民脂民膏。与此同时，世族还可轻而易举地操纵人才选拔，以至于出现“举贤不出世族，用法不及权贵”的现象。世族出身的名门子弟，就算身无长物，亦可凭借家世背景跻身仕途，起码能混个五品官当当。
我们都知道，古人素来讲究“门阀”，所以，在各家族为晚辈张罗婚姻的过程中，只会考虑与世家地位对等的高门大户，以此来保持门第的优越性。由于世家鲜与寒门子弟通婚，以至于，阶层被进一步固化和封闭。除此之外，当时的士大夫十分看不起卑贱的“下等人”：“视寒素之子，轻若仆隶，易如草芥，曾不以之为伍。”
这种世族与寒门之间的矛盾，亦为后续的南朝发展埋下伏笔。随着草根出身的寒门子弟逐渐获取了军队中的主导权，手握重兵的刘裕当即凭借这股力量颠覆了行尸走肉般的东晋王朝，建立南朝刘宋政权。继刘宋之后，先后出现了萧齐、萧梁及南陈。这些短命政权都具有相同的特质，就是开国君主均是前朝的禁军首领。
这四个短命政权的结局与西晋大同小异，统治者看到了东晋王室衰微、世族占据主导地位的前车之鉴，开始使出浑身解数辖制治地内的世族势力。为了制衡世族，这些皇帝不得不启用宗室子弟掌握兵权。然而，掌握了兵权的藩王与皇帝又会激发猜忌等矛盾，再次导致骨肉相残的情况发生，形成恶性循环。甚至，令人意想不到的是，世族竟抢在南朝之前退出历史舞台。
“侯景之乱”爆发以后，建康一带的世族子弟遭到大规模屠杀，“中原冠带……至是，在都者覆灭略尽”。等到隋朝建国以后，江左世族已成昨日黄花。西晋被颠覆后，被外来少数民族侵占的黄河流域亦陷入割据中。鲜卑、匈奴、氐族、羯族、羌族及周边的汉人先后在北方建立了十六个短命政权，构成了“五胡十六国”。
从表面上看，这些来自北方的少数民族缺乏权力合法性，所以，不得不披上羊皮尊前代王朝为正统，亦或是在名义上向东晋俯首称臣。实际上，这些北朝政权亦是乱世的成因之一。可以说，五胡乱华的历史是中国有史以来民族矛盾最激烈的时期。在此期间，各民族相互仇视，动辄发兵屠杀其他民族的军民，其血腥程度史所罕见。
据文献记载，当时的羯人称汉人为“两脚羊”，将汉人当作行军途中的口粮。据说，羯人还将汉人的“口感”分为几大类，以女子和婴孩的肉质为佳品，其行径令人发指。
当然，凡事均有两面性。
五胡乱华这一特殊的历史时期，亦促使北方胡汉民族交融。随着北周宇文氏复兴周礼，并促进了汉人和鲜卑民族的交流，让社会形态发生了崭新的变化。若非如此，大隋帝国恐怕仍会陷入魏晋南北朝的恶性循环中，无法终结乱世建立统一政权。
据文献记载，东汉末年中国的人口数量约为五千六百万，然而，在三国鼎立后中国的人口骤减到两千三百万，近六成人口“蒸发”。显然，这还没有算上那些没入籍的匿户。到了南北朝长期动乱期间，人口进一步锐减，其数据难以统计。
在《三国志》、《晋书》、《南史》、《北史》、《梁书》、《宋书》、《周书》、《陈书》、《魏书》、《南齐书》、《北齐书》这十七部正史中，收录了四十七次血腥的屠杀事件。从数据上来看，魏晋南北朝堪称古往今来最黑暗、最血腥、最混乱的时代。
