对此，朱元璋大为震惊、恼怒，万万料不到刚刚提拔上任的郭桓，居然比其他官员更贪婪。朱元璋下令审刑司吴庸审理此案，务必弄个水落石出。经过审讯，发现这个案子牵涉范围太大了，不仅有大量的地方官员涉案，而且朝中礼部、兵部、刑部、工部要害部门的高官几乎都与郭桓有牵连。朱元璋仿佛恶梦初醒，发觉自己四周竟充斥着贪官污吏，他不禁杀念大开，接连下令诛杀郭桓案的有关人员，从六部大小官员到江南不少地方官以及富户，总共杀了数万人。
由于杀的人太多了，一些官僚、地主们开始不满起来。他们虽然不敢说盗卖官粮合法，也不敢说惩治贪官污吏不对，于是一起指责办理案件的御史杀人太多。一时间，朝野上下议论纷纷，局势有些动荡。朱元璋权衡利弊得失，他决定就此收兵，在宣布郭桓等已被处死的官员罪状的同时，把审理郭恒案的法官吴庸等人也杀了。同时，朱元璋下诏“大赦天下”，表示不再继续追究有关人员的罪行。
有趣的是，通过“郭桓案”还带来了一个发明。为了防止贪官涂改数字，朱元璋将户部记账使用的汉字“一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、百、千”改为“壹、贰、叁、肆、伍、陆、柒、捌、玖、拾、佰、仟”。明朝发明的这种记账方法，时至今日仍然在使用。
经过这么多次对贪官污吏的惩处，朱元璋确实整顿了一下朝政，官场的风气确实比以前好转了一点。但是，朱元璋惩处贪官污吏的手段十分严酷，这也产生了另一个副作用。他造就了锦衣卫这样一批专门用特务手段维持统治的特殊官僚阶层，这些人以后用更加残酷的手段对付自己的政敌，使得整个明朝充满着尖锐的内部斗争。
