刘备退居白帝城，消息传回蜀地，一时间人心思动，尤其因为之前刘备为了打赢灭吴之战，大量征发“五溪蛮”，五溪蛮首领沙摩柯亦在战场丧命，这支曾在刘备作为汉帝的时期稳定了南蛮的部族实力大幅度削弱，无法继续稳定和压制南蛮了，在刘备绵延病榻，崩于白帝城后，后主继位，是为建兴元年。
建兴元年牂牁郡太守朱褒、益州郡的豪族大姓雍闿、越巂郡叟族豪酋高定纷纷急不可待的举兵叛乱。叛军气势汹汹，所当者破，形势几乎一发不可收拾。
关键时刻，诸葛亮一边大力恢复国内经济实力，一方面为避免腹背受敌迅速派遣使者，恢复与东吴之前的联盟，与此同时恰逢来自曹魏的魏王曹丕率领大军进攻东吴，魏吴鏖战，无暇西顾，诸葛亮当机立断，建兴三年三月，果断上表后主刘禅，亲率大军南征。后主同意，诸葛亮遂率大军兵分三路南征平叛。
建兴三年九月首先由李恢所率的中路军率先攻破了孟获的根据地，之后率部向南扫荡叛乱，切断孟获的后路。随后，诸葛亮亲率蜀军主力也进入益州。这时叛乱主谋雍闿已被叟族叛酋高定的部将击杀，叛军推蛮王孟获代雍闿为统帅，他收集雍闿的残部与蜀军对抗。
擒获孟获后，诸葛亮率大军南下与李恢会师，随后蜀军向西进兵滇池，授官孟获等部众，分兵平定了四周部族后，这场持续三年多的南中叛乱宣告彻底平息。故诸葛亮南征最远很可能是到达了今天云南省的晋宁、玉溪一带。