综观石涛在宣城的绘画作品，无论对佛学禅理的悟解，还是对传统笔墨技巧的把握以及在思想认识上的活跃程度都反映了石涛的艺术创作己进入佳境。
平湖放棹图
第三个时期是南京和扬州时期（康熙17年以后），石涛于康熙19年庚申（1680年）移居南京，这时石涛的绘画艺术渐臻成熟，生活、思想也开始发生变化。
这时期，石涛在文人荟萃的南京地区如鱼得水，与当地许多诗人画士结识，其中著名的有屈大均，孔尚任、龚贤、戴本孝、查士标、程邃、黄云等，还认识了卓子任、郑瑚山、博问亭等官吏名流，他们对石涛艺术境界的升华大有作用。
石涛 秋江独钓图
特别是当时活动在金陵地区的石溪、龚贤、戴本孝、程邃等都是声名卓著的画家，对来自宣城的石涛很有刺激作用。
更为重要的是，在这批社会名流里有不少是收藏古画的鉴赏家，他们保存有前代不少名人的墨宝，使石涛有机会观摩前人的作品，进一步了解董源、倪瓒、沈周以及董其昌等人的作品，从中吸收丰富的绘画技艺，而他所处钟陵、太湖的自然景色，也促使他体会到这些名家的笔墨成就。
在这一时期里，他的山水画有所变化，原来接近于梅清、戴本孝、程邃、萧云从等这些新安派的画风逐渐由浓而淡，属于他自己个性的面目变得更为清晰，随之而现的笔墨更为得心应手，在经过临摹学习，融会创新的阶段，以他娴熟的笔墨技巧，运用变幻莫测的创作手法，从而形成了恣肆洒脱的艺术风格。
山居图 辛巳（1701年）作
上海博物馆所藏《石涛书画卷》《秋声赋图卷》《荒城怀古图轴》《山水清音图轴》等作品，都是这时期内不同风格的最具代表性作品。
这时是石涛在绘画笔墨上得心应手，在理论上能自成体系，从而形成了恣肆洒脱艺术风格的时期。属于他有个性的面目变得更为清晰起来。
霜林扶杖图
康熙29年（1690年），49岁的石涛在燕京，此时是他精力最充沛，心情亦舒畅的时期，因而创作了不少巨幛大幅作品，所作作品，用笔严谨，画风细腻，描绘了美丽的江南山居佳境。
石涛于51岁从北京回到扬州定居，直至终老天年，这期间是石涛绘画艺术达到炉火纯青的阶段。艺术上的成熟和旺盛的创作精力，使石涛的画艺达到高峰，件件精绝。
石涛于康熙46年（1707年）与世长辞，在最后的岁月中，他还能以苍劲流利的画笔画出最后的一些作品。
石涛善用墨法，枯湿浓淡兼施并用，尤其喜欢用湿笔，通过水墨的渗化和笔墨的融和，表现出山川的氤氲气象和深厚之态。有时用墨很浓重，墨气淋漓，空间感强。在技巧上他运笔灵活。或细笔勾勒，很少皴擦；或粗线勾斫，皴点并用。有时运笔酣畅流利，有时又多方拙之笔，方园结合，秀拙相生。
