义和团这个组织来源于长江以北各省中流传甚久的一种民间秘密结社——白莲教。在嘉庆元年（1796年）起历时九年的白莲教起义和嘉庆十八年（1813年）的白营教的支派天理教起义失败以后，几十年间，白莲教的各个支派暗自流传。在直隶、山东、河南、山西等省有八卦教、红阳教、荣华教等名义的秘密结社，都属于白莲教系统，其中八卦教传播最广。清朝官方规定，凡传习八卦教的，不但要查拿禁止，而且为首的要处以极刑。在这种高压政策下，八卦教徒用传习拳术来隐藏自己。中日甲午战争时，山东的有些地区已有义和拳组织的活动。战后几年在鲁南活动的大刀会，也同义和拳组织有联系。这种组织有过“拳会”、“红拳会”、“义和拳会”等名称。参加义和拳的，以农民、手工业者最多，他们平时在家里从事各自的生产劳动，在劳动之余，在一起练习武术。加入义和拳组织，需要履行独特的仪式：练拳时要先跪在地上给师傅磕头，面朝南发誓，还要口中叨咕咒语，运气。他们利用设立神坛、画符请神等方法秘密聚众，称为“义和拳”，其中掺杂有大量教授信众“刀枪不入”的愚昧成分。
最初义和拳以“反清复明”为口号，遭到清朝镇压。随着中国近代史形势的发展，以帝国主义侵略为先导的西方势力的冲突代替华夷之辩满汉之争成为主要历史矛盾，义和团的口号也改为“扶清灭洋”，开始支持和参与反抗外国侵略势力的运动中。义和拳没有统一的组织，需要联合行动时，就以比较有号召力的村子出面，发出帖子约邻村的义和拳一同行动。到19世纪末，各地人民群众的反洋教斗争和反对帝国主义瓜分中国的斗争结合在一起，汇合成一股反帝洪流，并很快演变为义和团运动。
义和拳之所以首先在山东兴起，并且迅速发展成为席卷大半个中国的反帝爱国运动，决不是偶然的。
赵三多
甲午战争时，山东是主要战场，遭受过日本侵略军的蹂躏。战争结束后，德国先在这里强占胶州湾，英国又强租威海卫。后来，德国又把整个山东作为它的势力范围，取得了胶济铁路的修筑权，霸占了铁路沿线的大量土地。随着帝国主义侵略的加深，外国传教士的活动也十分猖獗。据统计，仅山东一省的72个州县，就设有大小教堂1000多处，外国传教士300多人，招引和胁迫入教的教徒达到8万人之多，形成了一支压迫中国百姓的穷凶极恶的反动势力。清政府的地方官吏在百姓与教民发生冲突时，总是偏袒教会一方，压抑百姓。老百姓有苦无处诉，有冤无处伸，惟一的道路只有拿起武器自救了。于是，义和拳在受帝国主义蹂躏压迫最为惨重的山东地区大大发展起来。
1898年10月，山东冠县义和拳首举义旗，揭开了义和团运动的序幕。冠县城北的梨园屯与直隶威县交界，这里的天主教民在法国传教士的指使下，与村民长期争用玉皇庙基，并于1897年春在旧庙基上重建教堂，结果引起村民哗变，群起抗拒。村民阎书勤、高元祥等，绰号“十八魁”，率众驱逐教民，拆毁教堂，重建玉皇庙。他们还邀请威县著名梅花拳首领赵三多前来护庙，赵三多率领拳众在梨园屯亮拳设厂。传教士要挟清政府镇压拳民。山东巡抚张汝梅一面派兵镇压，一面建议清政府“将拳民列诸乡团之内，听其自卫身家，守望相助”。1898年10月，赵三多等人在冠县蒋家庄（今属河北威县）率众起义，竖起了“助清灭洋”旗帜，并改称义和团，率众直攻红桃园教堂，与前来镇压的清军多次博斗，队伍发展到千余人。随后，起义军分为两路，一路由阎书勤等率领，活动在直鲁交界地区，继续打击教会势力；一路由赵三多率领，沿运河北上，势力扩展到直隶南部和中部。
当梨园屯义和拳起义之际，鲁西北的长清、茌平、高唐、禹城等州县的义和拳，也在朱红灯和心诚（本明）和尚等人的领导下积极开展反洋教斗争。1899年秋天，平原县杠子李庄教民李金榜欺压拳民首领李长水、勾结平原县令蒋楷，以“闹教”得罪洋人的罪名逮捕拳民六人，朱红灯由茌平率队前来援救。10月间，朱红灯带领拳民击退蒋楷的进攻，接着又在平原县的森罗殿大败前来镇压的清军，声威大振。山东义和团运动迅速高涨起来。