（一）丞相制的废除使皇权专制走向极端。
明王朝政治制度的设置和变化也潜伏着导致明王朝衰亡的原因。朱元璋在建立明王朝之后，初期是设置丞相的，但在“胡惟庸案”之后，他废除了丞相制，由皇帝直接掌控六部，使皇权高度集中，把皇帝专权推向了一个新的高度。六部主官直接向皇帝负责，原来相权对于皇权的牵制作用消失了，决策由皇帝专断，这彻底改变了决策机制的科学性，而一旦专权的皇帝决策失误，其危害便没有纠正机制，后果很严重。而为了分担皇帝繁杂的政务所设置的内阁，初期只有顾问和秘书的职能，没有实际权力，没有能纠错，内阁只是皇帝的参谋和文字服务部门。所以，相权的废除，使明以前长期设置的丞相制消失了，皇权专制大大加强，这导致了中央政府管理机制的失常，皇权专制走向极端，皇室的势力也随之膨胀发展。
（二）分封藩王的策略为皇室内斗埋下祸根，并加剧了土地兼并的趋势。
朱元璋
与废除丞相制相应的，是分封藩王制度的实行，朱元璋为了维护皇权的至上统治，防止异姓政治军事力量对皇权的威胁，保证皇权统治的稳固性和持续性，采取了分割皇室朱姓藩王的策略、朱元璋把他的子孙们分封到各地，以造成政治军事屏障，拱卫中央皇权。可是，这便出现了两方面严重问题：一是导致了皇室内部权力斗争的激化。为了使朱姓藩王有能力护卫边疆、管理好封地等，自然需要赋予藩王相当的权力，而藩王权力的增强使一些有能力有野心的藩王不服中央皇权的支配，这便造成了皇帝与藩王的矛盾。
比如，朱棣的“靖难之举”就是一个典型的例子，当时，他就藩北平，以抵御北方的外族入侵。洪武二十三年（1390年）正月，朱元璋曾命傅友德为大将军，率列侯赵庸、曹兴、王弼、孙恪等赴北平，训练军马，听燕王节制，以出征漠北，此后，朱棣在北平拥有很强的军事权力，他经常率兵征战北部边疆，势力逐渐强大，边疆是护卫好了，但燕王的权力也逐渐增大，朱元璋去世之后，皇长孙朱允炆继位，燕王是强势的叔父，而朱允炆是柔善的侄子，中央皇权自然受到了威胁，加上建文帝听从齐泰、黄子澄的建议，执意于削藩，于是，”靖难之役“便出现了，皇权与藩王的权力矛盾不可调和。
此外，明武宗正德十四年（1519年）宁王朱宸濠造反，也是另一个皇权与藩王权力矛盾不可调和的典型事例，若不是赣南巡抚王阳明在江西平乱，以少胜多击败了宁王，那么，明武帝朱厚照的皇位还能不能保住就悬了。皇室的内斗耗损了明王朝的统治力量，这也是造成明亡的一个重要因素。
还有，藩王权力的膨胀还造成了另一个巨大的危害，即造成了皇室贵族兼并土地趋势的加剧，藩王拥有各种特权，特别是在其封地，专横霸道，根本就不受地方官员的管理，朝廷的律法规则对他们来说犹如虚设，各地藩王带头兼并土地，强占农民的耕地，而朝中权臣、专权太监和地方掌权官员也竞相效仿，形成了不断恶化的兼并趋势，使很多农民失去了土地，成了没有土地的佃农，而地主恶霸经常加重剥削，造成民不聊生的局面，使王朝贵族和高官权臣与民众的矛盾不断加剧，矛盾越来越尖锐，最后是权贵让民众无法生存，官逼民反，明王朝失去了民本根基，当然就无法再维持下去了。
（三）内阁的设置催生了内外庭制度，并造成了宦官专权的严重弊病，使中央治理机制出现混乱。
朱元璋废除丞相制，为了解决繁重的政务，设置了内阁，召集一些老臣来当顾问，并处理秘书事务，而朱棣“靖难”成功并登基为帝之后，加强了内阁，在一定程度上提升了阁臣的权力，而朱棣之后，有几个皇帝就没有像朱棣那么强势了，内阁的权力也不断增强，皇权不像朱元璋、朱棣时期那么强势了，到了明朝中叶之后，内阁的权力便演化为类似于丞相府的权力，内阁首辅有“准丞相”的职权。而为了制止内阁的权力，加上明朝的一些皇帝怠政懒政，便使宦官的权力得到了加强，如此一来，司礼监的权力得到了超常的强化，自此，为了对内阁进行牵制、制约，便催生了内、外庭制度，而内廷司礼监和宦官权力的加强使得内朝司礼监的权力与外朝的内阁形成了矛盾关系，在皇帝的支持下，明朝的特务机构厂、卫等拥有了特殊的权力，由太监掌控的司礼监利用特权，制约阁臣，控制和压制朝中大臣，并常常与后宫后、妃勾结，擅行皇权，干预朝政，致使朝纲混乱，严重破坏了正常的中央政府管理机制，皇帝虽然还能稳坐在皇位上，但朝政管理已严重不顺，腐败严重，贪腐现象日益严重，太监专权、后宫擅权、外戚干政等等，使朝廷管理机制病态发展，明王朝焉能不亡？
