但与此一同，桓冲引荐王荟出任江州刺史，谢安则推出谢輶来当江州刺史，两方抵触又起，最终谢氏退让，孝武帝以桓冲自领江州刺史。
这反映出门阀之间的潜在对立，为同仇敌慨的表象下增添了不和谐音符。太元八年（383年）八月，前秦天王苻坚下诏大举攻晋，企图一致我国，淝水之战总算迸发。苻坚亲率步卒60万、马队27万、羽林郎（禁卫军）3万，共90万大军从长安南下，连绵数千里，水陆齐进，仅运粮船舶就有万艘。一同，苻坚又命梓潼太守裴元略率水师7万从巴蜀顺流东下，向建康进军。苻坚骄狂地声称：“以吾之众旅，投鞭于江，足断其流。”这便是闻名典故“投鞭断流”的来历。东晋北上抗击秦军的一共军力才8万，在宰相谢安的掌管下，以谢石为大都督，谢玄为前锋，北府兵为主力，前往迎战。其时秦军前锋苻坚之弟苻融率30万大军首要抵达颍口，秦军初战告捷，占领寿阳，又截断了东晋派来救援的胡彬军的退路，将其团团包围在硖石。苻坚接到喜讯大喜，他留大军于项城，带轻骑八千赶到寿阳，又派在襄阳抓获的东晋将领朱序去劝降晋军。朱序则心胸故国，将秦军布置言无不尽，并主张趁秦军未彻底集结，敏捷出击。谢石原本是方案据守不战，听了朱序的话后便改变了作战政策，决议主动出击。十一月，谢玄派刘牢之率精兵五千强渡洛涧，去进犯对手的5万人马，大获全胜，斩前秦梁成等10将。洛涧之战令晋军信心倍增，谢石持续挥军水陆并进，直抵淝水东岸，在八公山边扎下大营，与寿阳的秦军隔岸坚持。谢玄见两边力量对比悬殊，局势又不容许晋军长年累月地打消耗战，便派使者去秦营，要求秦军把阵地稍向撤退，空出一块当地，好让两边一决胜负。苻坚认为让戎行稍向撤退，待晋军半渡过河时，再以马队冲杀，这样就可以取得成功，所以就容许了谢玄的要求，指挥秦军后撤。成果秦军一后撤就失掉操控，阵脚大乱。谢玄带领八千多马队顺势抢渡淝水，向秦军发起猛攻。朱序这时在阵后乘势叫喊：“秦军败了！秦军败了！”秦军有很多是强征入伍的，并且由多个民族组成，可谓同床异梦，人心原本就不稳，朱序这一喊，认为真的败了，越发慌张，争相逃命，几十万戎行就像山崩了相同落花流水的大溃逃。谢玄等乘胜追击，直至青冈（今寿阳县西三十里）。此刻，前秦名将苻融战死，苻坚中了流矢，单骑北逃，朱序乘乱投靠晋营，东晋取得淝水之战的成功。淝水之战是我国前史上以少胜多、以弱胜强的闻名战例，并给后人留下了闻名的前史典故和成语。如“投鞭断流”、“风声鹤唳”、“八公山上，风声鹤唳”等，一向妇孺皆知。
淝水之战后，东晋趁北方大乱之机，克复了巴蜀及山东河南大片失地，一向打到黄河北面的邺城。
后来因为翟魏、西燕、后燕等胡族政权的反扑加上东晋朝廷的内斗，东晋在淝水战后所克复的淮北土地至孝武帝末年又大部损失。主相坚持
淝水之战的成功连续了东晋王朝的命脉，但内部的权利结构却发生了奇妙的改变，随之而来的则是统治集团的内讧。
在门阀政治下隐忍已久的孝武帝司马曜在前秦南侵期间的太元八年（383年）九月便以胞弟琅邪王司马道子录尚书六条事，开端分谢安的权。 陈郡谢氏主导了淝水之战的成功，却遭受功高不赏的困境。
这一是因为长江上下流的桓、谢对立，但该对立因为淝水战后不久桓冲死去、桓氏暂时无人而化解；二是因为孝武帝、司马道子代表的司马氏皇权向士族门阀的应战，这是导称谢氏面对危机的主要原因。
其时太原王氏的王国宝等人以“谗谀之计”挑拨孝武帝与谢安联系，再加上谢安本有名士情结，不肯争权夺利，便作出退让，于太元九年（384年）八月自请北征，并于翌年四月出居广陵，八月逝世。
司马道子水到渠成地成为扬州刺史、录尚书事、都督中外诸军事。
跟着谢安被架空及死去，谢玄也不能自安于北府之任，加以北伐失利和疾病的原因，于太元十二年（387年）正月免除兵权，退就会稽内史，一年后逝世，他所操控的徐、青、兖三州也先后被司马道子（兼领徐州刺史）和谯王司马恬（青、兖二州刺史）这两位皇室成员分割。
谢玄的引退标志着陈郡谢氏的门阀政治落下帷幕，也意味着孝武帝完成了皇权的回收。
