虽然孝武帝完成了亲政，“威权己出”，但他明显不是一位合格的君主。
孝武帝与其弟司马道子一同沉湎酒色，把宫殿搞的乌烟瘴气，又信仰释教，宠幸僧尼，朝政日益暗淡。
孝武帝的皇后是“嗜酒骄妒”的王法慧，她在太元五年（380年）逝世，尔后孝武帝未再立后，而是宠幸淑媛陈归女和张贵人。太元二十一年（396年）九月二十日，孝武帝在后宫清暑殿中与张贵人一同喝酒。
孝武帝喝高了，对张贵人恶作剧说：“你年近三十，美色大不如前，又没生孩子，白占着一个贵人的名位，明日我就废了你，另找个绮年玉貌的姑娘。”
张贵人听了后心里妒火中烧，而烂醉如泥的孝武帝毫无发觉，打趣越开越凶猛，张贵人遂起杀心。
她先让孝武帝周边的宦官们也喝醉，等孝武帝和宦官们纷繁醉倒睡去后，她召来亲信宫女，乘孝武帝熟睡之际，用被子把睡梦中的孝武帝给活活捂死了。
随后，张贵人谎报皇帝于睡梦中“魇崩”。中书令王国宝深夜前来，叩打禁宫的大门，方案进去替皇帝编撰遗诏，被王恭之弟侍中王爽阻挠。
而其时司马道子（已徙封会稽王）也整天声色犬马，由其子司马元显执政，这对父子原本就站在孝武帝的对立面，合理主相坚持中被孝武帝一方限制，对孝武帝之死求之不得，因而对张贵人不予追查。
皇太子司马德宗即位，是为晋安帝，晋安帝的智力残疾程度甚于晋惠帝，天然也不会追查父皇之死。
史学家吕思勉置疑孝武帝以酒后戏言而被张贵人所弑乃真凶分布的流言，但他被宫人弑杀应属无疑，然后暗示孝武帝之死很可能是司马道子父子及其翅膀王国宝等人策划的诡计。
但是，在孝武帝和司马道子“酣歌为务”的外表下，兄弟之间却潜藏着深入的对立，然后构成了太元后期的“主相坚持”格式。
主相坚持直接表现为外戚太原王氏内部的对立，即孝武帝王皇后身世的王恭一系和琅邪王妃身世的王忱、王国宝一系之间的奋斗。
太原王氏虽继陈郡谢氏而兴，但既无人才亦无事功，不足以限制皇权并保持政局的平衡，只要别离依靠司马氏而贪心门户利益，这与此前的门阀政治格式已大不相同。
司马道子成为宰相后，权势越来越大，袁悦之更劝司马道子专揽朝政，王恭乃请孝武帝杀袁悦之。
孝武帝托以它罪杀袁悦之于市中，“既而朋党同异之声，播于朝野矣”。
主相之间的对立因为袁悦之被杀而揭露化了，这是太元十四年（389年）十一月的事。
太元十四年（389年）六月和太元十五年（390年）正月，镇江陵的荆州刺史桓石民和镇京口的青、兖二州刺史谯王司马恬相继死去，对上下流的抢夺遂成为主相坚持的焦点。
江陵、京口两藩别离为王忱和王恭所得，到太元十五年（390年）八月，司马道子又以其同党庾楷为豫州刺史。
太元十七年（392年）十月，王忱病死于荆州刺史任上，激起了孝武帝夺回荆州的尽力，东晋政局又为之一变。
司马道子欲以王国宝继其弟为荆州刺史，孝武帝天然不乐见荆州这块肥肉落入司马道子手中，他敏捷采纳举动，不经司马道子所操控的吏部铨选，以“中诏”录用亲信近臣殷仲堪为荆州刺史。
与此一同，孝武帝还录用“以才学文章见昵”的郗恢替代以老病退的朱序为雍州刺史，镇守襄阳。透过这一系列的人事变动，孝武帝在主相坚持中占了优势。
戏言被弑
