在清朝刚刚入主中原的时候，江南地区的南明势力以及西北地区的盗匪被视为其主要的对手，因此清政府将主要的精力都集中在这两地的征伐之上。即使在军事征服完成之后，其政治中心依然集中在之前明朝的核心区域，对于西南地区的政治工作并不特别用心。
他们延续了明政府的制度，令吴三桂在西南地区称王，与之前明代设置的土司们一起负责当地的政治工作。这让其有了坐大自己势力的机会。随着康熙撤藩令的下达，吴三桂终于起兵反清，并给清朝初期的统治带来了不小的危机。
在吴三桂之乱被平定的同时，中国其他地方的隐患也基本被清政府解决，他们终于开始整顿西南地区的政治秩序。除了被人们所熟知的改土归流之外，清政府还运用了许多手段来让西南进入中央政治秩序之下，并且取得了不俗的效果。
清初雄踞西南的平西王吴三桂清政府对于西南各省疆界的重新划分
在清代之前，虽然云南，四川，贵州等地都一直是明代的领地，但是明朝中央政府对于这些地方的管理其实并不是十分有效。除了四川之外，云南，贵州各地的少数民族百姓较多，因此传统的政治管理在那里很难得到推行，迫于这样的情况，明政府只能依靠当地少数民族的首领，也就是土司来帮助他们进行治理。在这样的背景之下，云南，贵州两省便一直得不到中央政府的重视。
清代名臣鄂尔泰
这样的想法也一直延续到了清代，在雍正朝进行改土归流改造的时候，人们一开始倾向于将东川等土府所管辖的地区并入四川省的疆域，而不是将它们就近划入云南的辖区。针对这样的情况，当时负责西南地区政治工作的鄂尔泰注意到了这个决定的隐患，其指出东川距离四川的首府成都太远，很难帮助东川完成政治秩序的重建，因此其要求将东川镇划归云南管理，这得到了清政府的肯定。在不久之后，之前由四川管辖的乌蒙，镇雄两地也划归给了云南。而贵州在这段时间中，则得到了之前属于四川的遵义府。
如今的遵义古城
这样的改变让云南和贵州省的战略地位得到了提升，并且加强了这些地区的控制力，减轻了四川政府的负担，让清政府在这些地方的控制力度得到了显著增强。
除此之外，清政府还在云南地区先后开设了普洱府和开化府，这让当地的百姓被纳入了中央行政体系的管理之下，加强了该地与清政权之间的联系，为西南地区的发展提供了极大的帮助。这种行政区划的重新划分，是清朝时期西南地区完成内化的重要保障。加强与西南各邻国的联系
和明朝一样，清政府依然希望成为东亚地区的宗主权，得到周边国家的认可和尊奉。因此在国内局势稳定之后，其也派出使节前往东南亚各国，与当地政权建立起了宗藩关系。
由于在清朝初期，南明最后一任皇帝永历帝曾经出逃缅甸，这让清政府深明西南各国与国内西南地区政治形势之间的紧密关系。因此在清朝期间，清政府给予了西南各国极大的政治自由，并不时对其进行赏赐，以保证其不会干扰自己的内政。
永历帝朱由榔
在清雍正年间，之前归缅甸管理的木邦土司要求向清政府进贡，却受到了清政府的拒绝，这主要是因为雍正担心这会引起缅甸政府的不满。而当时整个土司希望以土地内附，这也遭到了清政府的拒绝，由此可见清政府希望保持与周边各国良好关系的决心。
清政府作为宗主国，对于周边藩国的态度十分友善，并且并不会贸然干涉其内政，并且愿意为它们的利益考虑，这让清代时清政府与周边的国家一直保持着良好的关系，而这也给清政府在西南地区进行的政治改革提供了稳定的外部条件。清政府在西南地区的驻军调整
在进行改土归流改造之后，云贵地区的土司政权逐渐退出了历史舞台。这同时也意味着清廷通过藩王和土司构建的西南地区防卫体系的彻底瓦解。因此清政府在西南地区布置了大量的绿营军，并让他们驻守在西南的军事重镇和交通要道周围，来维护西南地区的安全。