康熙二年正月初二，清朝三路大军分别自万县、陕西、湖北出发，对夔东十三家展开了向心攻击。夔东十三家中战斗力最强的有三大部，分别是房县的郝摇旗、大昌的袁宗第以及兴山的李来亨。郝摇旗资格老，是高迎祥时代硕果仅存的义军大将，历来被视为夔东十三家的盟主。李来亨继承的是原大顺军最精锐的李锦、高一功所部，战斗力最为强悍。势力最弱的是袁宗第，他驻守的大昌县正当李国英的兵锋，所以最先遭受攻击。一番鏖战，战败的袁宗第率残兵乘夜逃脱。与此同时，房山的郝摇旗也被清军击败，被迫离开了经营十二年的房县据点。下一步，清军即将逼近李来亨的兴山县。眼见清军步步紧逼，各路义军的首领经过紧急商议，遂决定集中优势兵力对清军各个击破。
这年七月二十三日，联军首先对湖广方面的清军展开反击。猝不及防的清军被打得大败，一直逃到今宜昌地界才稳住阵脚。当时秋雨连绵，弥漫的江水封锁了三峡道路，导致“上下声息不同”。四川总督李国英还不知道湖广清军已被击溃，待到数万联军蜂拥而来，才知大事不妙，赶紧躲进了巫山县城。
史料记载，联军从25日兵抵巫山县城后，便不分昼夜进行攻打。清军在还击的同时，并没有一味困守城池，而是派出多支精干部队袭击义军粮道。时间一长，义军战士饥疲交加，战斗力大打折扣。这时，李国英突然派兵出击，对义军展开了凌厉的反击，一连击破义军七处营垒，杀死义军战士约达七千人。联军损失惨重，被迫退兵。在这之后，随着清军援兵的陆续开来，夔东基地日渐缩小，许多义军战士丧失了信心，纷纷率部投敌。到了康熙三年二月，夔东十三家只剩下李来亨一支抗清武装。史料记载，清军曾对李来亨据守的茅麓山发动过多次攻击，但每次都被打得丢盔弃甲。无法，清军只好采取围困之策。但夔东地瘠民贫，清军难以就地取得补给，只能从外地转运。茅麓山峭壁嶙峋，牲畜行走其间亦跋涉艰难，只能大量征调人力。后来，京城但凡谈论某事艰难者，常言六个字，“又上茅麓山耶！”
八月初，义军囤积在茅麓山的粮食吃光，军心开始浮动，投敌之事屡禁不止。初四，义军紧绷的神经终于崩溃，总兵陈经打开寨门降清。李来亨见大势已去，毅然举火焚寨，然后自缢而死。传言，和他同时就义的还有李自成的皇后高氏。不过，据王夫之的《永历实录》以及查继左的《罪惟录》记载，这位并未就义，李来亨临死前将她托付给了表舅高守贵。后来，她随高守贵投降了清朝，并最终老死敌营。
参考资料：《明史·李自成传》、《清代档案史料丛编》、《巴东县志》、《李来亨列传》
