第二次鸦片战争结束后，清帝国受西方帝国主义势力的控制愈发严重。同时还因对外战争的屡次失败，让清廷不得不选择在一些政治问题上向西方列强妥协和退让。在列强的强烈要求下，清廷不得不对中央行政机构中的外交部门进行改组，即成立了总揽对外一切事宜的总理衙门。
那么清末时期出现的总理衙门拥有怎样的地位，又身负哪些职能呢？
清末的总理衙门是以军机处为模板组建的第二次鸦片战争后，清廷不得以设立总理衙门
公元1856年，不满足在第一次鸦片战争中取得的特殊利益的英国，及老牌帝国主义国家之一的法国共同挑起了第二次鸦片战争。同第一次鸦片战争的结果一样，这次清廷再次战败，不得不与列强签订了《北京条约》。
在丧权辱国的《北京条约》签订后，西方列强驻清帝国境内的大使愈发强烈的要求清廷尽快改组外交机构。起初清廷一直不愿满足这些大使的要求，但随着对外战争的频频失利和对西方世界的主观印象出现了改观，朝野中也出现了主张改组外交部门的声音。
李鸿章就曾身兼外交工作
公元1861年，咸丰帝批准建议成立"新"外交机构的提议，总理衙门宣告完成重组。对此，宁夏大学人文学院的王晓霞硕士在《总理各国事务衙门的设立与近代中国政府职能的转化》一文中曾经提到：···清政府被迫在六部之外设立总理各国事务衙门，设有大臣、章京两级，总理大臣由满族亲王、郡王、贝勒中选任，总理章京分总办章京、帮办章京、章京等，负责具体事务，以下又设英国、法国、俄国、海防五股···
英法等国之所以会不断对清廷施压，并迫使其成立独立的外交部门，想来是为了改变清廷盲目自大的错误心态。即便清帝国遭遇了两次鸦片战争的沉重打击，却依旧只是认为是"运气不好"而已，丝毫没有意识到清帝国已经和英法等西方强国之间的差距已然愈来愈大。
在这种环境下，为了让清帝国端正态度意识到自己所处的地位和困境，并且简化进一步侵略清帝国过程中的繁琐步骤，西方列强定然需要总理衙门这样的一个部门。同时，这也是中国近代化外交的始点。
批准外交机构进行重组的咸丰帝总理衙门的结构与职能
总理衙门的权力来源虽然源自礼部，但是其职能却不仅仅只是局限于外交领域。与此同时，与外交事务和通商事务有关的大臣，则也一律归总理衙门节制。对此，西安理工大学人文与外国语学院的崔小清讲师在《总理衙门的建立与英语文化在中国的传播研究》一文中曾详细提及了总理衙门的各项职能和权利范围：···在当时，总理衙门是主管外交事务，派驻外交使节，同时兼管关税，通商，邮电，军工，路矿，海防，通商，同文馆和派遣留学生等事务，接管以往理藩院和礼部的相关事务，并且有所扩大。是晚清时期主管外交事务的最高中央机构。
主张建立总理衙门的恭亲王奕訢
通过上述材料可以看出，总理衙门的职能似乎与现代的外交部基本相同，但事实上却不然。总理衙门不仅负责常规的外交事务，还掌管京师同文馆。通过京师同文馆，许多清人学习到了英语、法语、日语等等。
如果换作是现代，京师同文馆这种机构自然是应当被划归在教育部门之下的。但在当时，这种带有明显教育机构特征的机构，却直属于总理衙门，足可见总理衙门管辖范围之广泛。同时也能够看出，清末各行政机构之间职能划分不清晰、制度不完善等弊病。总理衙门成为了传播"西学"的介质
前文已经提到，西方列强一直想要全面侵略清帝国。这种侵略不仅仅局限于军事上，也包括经济上、文化上和行为习惯上。通过总理衙门，西方列强将自身文化和政治体制等内容纷纷传入清帝国内部，使清人在极短时间内就接触到了大量新奇的"西学"。