受这些概念的影响，17世纪的观点认为，习惯性吸烟是不健康的。例如，与同时代的许多人一样，哲学家方以智将烟气视为一种烈性的药物。方以智警告说，长期吸烟会损害肺腔（肺焦），以致所有其他药物都无法发挥药效。由于过度吸烟而遭受肺疾之苦的人会突然吐出一种淡黄色痰液并死亡。清初士大夫施闰章也告诫读者烟草消费对健康的危害，他提到蜜蜂在吸吮烟草的花蜜后“皆立死”。他还讲述了一个朋友的故事，这个朋友非常喜爱烟草，而且一天吸烟在一百次以上。根据施闰章的记述，这个人后来得了一种怪病，使他的头肿起来，牙龈长出渗着脓液的疮。这位友人虽然康复了，但一度在死亡边缘徘徊。像酒或者任何烈性的可摄入物一样，过量吸入的烟草是有害的，而且可能危及生命。从中国药物疗法的角度来看，这些特性意味着烟草具有相当大的毒性（有毒）。这并不表示它是一种完全不能使用的物质，而是一种可以小心地用于治疗急性病症的药物，诸如南方偏远地区特有的瘴气引起的间歇性发热。正如奥林热（FrédéricObringer）所论证的，中国有一种悠久的传统，即利用包括雄黄和砒霜等砷化合物在内的毒性药物治疗间歇性发热（疟和瘴），其中包括生物医学鉴定为疟疾的疾病。人们普遍认为烟草具有预防和治疗瘴气的退热功效，这无疑是16世纪烟草在亚热带的中国沿海地区迅速流行的原因之一。姚旅观察到，吸烟可以预防瘴气。他还指出，将碾碎的烟叶做成膏药涂在头皮上能杀死头虱，17世纪的欧洲药学家也知道这种做法，美洲印第安人在接触外来文化之前经常这样做。倪朱谟是最早描写烟草的儒医之一，他判断这种药物的味是苦和辛（味苦辛），其气的属性为热。他将烟草置于“毒草类”，从而强调这是一种必须谨慎使用的烈性药物。在他看来，烟草之气被吸入时，能够抵挡风雨之寒、山蛊之气和鬼邪之力这些可能导致间歇性发热的东西。与倪朱谟同时代的张介宾也强调了烟草治疗和预防南方热病的功效，在接下来的章节中，我们会更细致地探讨他为吸烟提出的复杂理论依据。张介宾讲述了一则轶事，吸烟的士兵进入充满瘴气的云南境内，却没有染上任何疾病。在他的本草目录中，张介宾将烟草类比于在整个华南地区都广泛使用的槟榔。张介宾指出，烟草的功效虽然比槟榔更强烈，但它们都能够增强身体之气，从而提高对疟疾的抵抗力。因此，“而今则西南一方，无分老幼，朝夕不能间矣”。由槟榔树的果实、蒌叶椒植物的叶子和熟石灰（通常取自牡蛎壳）制成的槟榔在东南亚和中国沿海地区有悠久的历史。当少量槟榔被咀嚼时，这些化合成分的汁液使身体精力充沛，产生一种轻微的愉悦感；槟榔碱是槟榔子中的主要生物碱之一，在刺激中枢神经系统方面具有与尼古丁类似的作用。然而，较大的剂量通常导致镇静作用。历史上，在所有消费槟榔的亚洲地区，槟榔被认为具有广泛的治疗用途，包括促进消化、治疗腹泻、排出寄生虫，以及预防蛀牙。在华南，槟榔最常见的医疗用途是预防由瘴气引起的间歇性发热。
“温补”学说的著名支持者张介宾认为，阳气通过吸烟得以恢复，由此身体可以克服许多疾病，包括那些由外部或内部病因引起的疾病，以及那些由于饮食不当、房事过度或精疲力竭和过度劳累造成的疾病。这包括由六淫，尤其是“寒”和“湿”引起的流行病和急性发热。作为一种强烈的阳性药物，烟草具有封闭间隙和毛孔（腠理），抵御风邪之气的能力，而且它可以缓解由“寒”造成的关节和骨骼的风湿性疼痛。张介宾还指出，烟草可以用于阻挡在树木繁茂的山区和南方亚热带地区遇到的有害蒸气（山岚瘴气）。
遵循李杲和薛己的传统，张介宾还强调了烟草对于治疗由内部原因所引起疾病的功效，特别是那些影响脾胃的内部原因。通过温暖脾胃器官系统，烟草具有帮助消化、餐后消除饱足感、控制霍乱（“霍乱”字面意思为“突然的混乱”）的剧烈呕吐，甚至具有消灭肠道寄生虫的能力。当脾胃的代谢功能在烟气的帮助下得以恢复时，它们可以将必要的滋养作用再次传递到全身。通过驱散停滞或污浊的寒、驱散停滞的凝结（瘀结）和防止血液停滞壅塞，烟草还能促进气的流动。总而言之，对于张介宾而言，烟草是一种有效的药物，其主要的临床用途是辅助那些阳气停滞或衰竭的人。换言之，烟草主要用于保护或振奋一些男性，因为他们不加约束的欲望导致他们过度沉溺于宴会、青楼或小妾的闺房。
