其三、军事犯罪。众所周知，宋朝统治者为避免重蹈五代十国的覆辙，对军队的管理是极其严格的，因此对于一些违反军纪的罪行，如勾结盗贼、临阵脱逃、贻误战机、虐待兵士等，宋廷多会采取流放沙门岛的惩罚。如天禧三年（1019年）七月“苛岚军铺军士有为贼向导者，配沙门岛”。再如元丰六年（1083年）元月，鹿延路第二将李浦见“副将死战”，却见死不救，致使惨败，事后，李浦被分配至沙门岛。
之后，流放至沙门岛的罪犯，宋廷对其是怎样管理的？
首先，凡是分配到沙门岛的罪犯，宋廷都会在他们的脸上刻上“刺配沙门岛”的字样。其次，为方便对这些犯人进行管理，宋廷在沙门岛建有沙门寨，屯兵驻守，由寨主这个最高长官来负责看押流放至沙门岛的罪犯。最后，关押在沙门岛的罪犯是要服劳役的，据《宋大师记讲义》所载：“乾德元年八月，女真来贡，蠲登州沙门岛居民租赋，令专治舟渡女真所贡马”，这些罪犯需要帮助岛民制造船舶，及运送女真上贡的贡马。
最后，被发配至沙门岛的罪犯，还有机会活着走出吗？
因发配至沙门岛的罪犯多是罪恶滔天的，是原本要被处死的，所以多数时候他们是不可能活着走出来的，所谓“昼监夜禁，与死为邻”。当然也有少数幸运儿能够活着走出去。当时，因沙门岛环境极其恶劣，是极度的缺衣少粮，最多只能容让二三百人，可是因朝廷对于发配至沙门岛的罪犯没有人数限制，所以其被发配到此的罪犯是远远超过三百人，正如京东路转运使王举元所说：“登州沙门岛每年约收罪人二三百人，并无衣粮，只在每岛户八十余家佣作，若不逐旋去除，即每户难的赡养”。
因此，这就造成岛上出现了严重的粮食危机，饿死者众多。同时，因驻岛兵士也需要粮食，他们为了生存，有些时候就会用特别恶劣的方法来让罪犯减少，“妄以病患别致杀害”，就是用生病的借口来将一些多出的罪犯暗地杀害，甚至是用船梢将其活生生的沉入大海。
由此，宋廷为防止配至沙门岛的罪犯出现莫名其妙的非正常死亡，宋廷遂以改配的办法来限制发配沙门岛的人数。神宗时期，神宗接受前引知登州马默的谏言，“更定配岛法凡二十条，溢数而年深无过者移登州”，即如若出现超额现象，则就将那些年纪大的，分配期间没有犯什么错的罪犯改配至登州。如熙宁五年 (1072 ）七月，神宗就下诏将“沙门岛罪人赵能等四十四人量移过海，再详情理轻重分配诸路牢城”。
总得说，要想活着走出沙门岛，就必须满足三个条件：（1）沙门岛的罪犯出现满额现象，就是要超过三百人。（2）必须是年纪大的罪犯。（3）必须是在服刑期间没有犯过任何错误的。
