赵良栋赶到前线之后，巡视营防，认为长时间拖下去只会造成粮草不继而失败，于是乎赵良栋决定不做休整，连夜攻打南坝，顺利到达昆明城下，当时很多人都劝说赵良栋士兵累了，不如让给别人来打，赵良栋却说士兵们几番作战，眼看到了关键时刻，怎么能让给别人呢？
赵良栋全军上下争先抢后，杀入昆明城内，吴世璠自杀，云南平定，从吴三桂起兵到吴世璠自杀，吴家在云南经营二十多年，积攒了不少财富，城破之后许多士兵肆意抢夺，只有赵良栋的部队分文不动。
平定云南之后，赵良栋被调回京城，康熙却以赵良栋与王进宝曾经的矛盾大作文章，认为两人相互攻击，赵良栋被贬为銮仪使，之后王进宝联合多人弹劾，想要了赵良栋的命，康熙念其有功恢复将军职位，1695年赵良栋上奏认为自己的战功被别人隐瞒，然而这次却惹怒了康熙，指责他气量狭隘，赏赐了两千白银之后，就把他打发回了宁夏。
1697年，赵良栋病重，康熙命人前去慰问，没多久之后便去世了，终年77岁，康熙正忙着征讨准葛尔，命皇长子参加葬礼，等到乾隆统治年间，赵良栋被封为一等伯爵，世袭罔替，赫赫战功也让人们认准赵良栋是清初最优秀的将领之一。
