为了推进故宫博物院传统的古建修缮、科学的文物保管、多元的陈列展览和蓬勃的学术研究，吴仲超院长着力改革管理体制。他在原有保管部、陈列部、群工部以及几个专门委员会的基础上，增加了学术委员会、编辑出版委员会、文物与非文物审查委员会、文物征集委员会、文物鉴别委员会、文物修复委员会等机构，并相继增设古建修缮处、研究室等专业部门，逐步探索适合故宫博物院文博事业的机构设置，同时针对文物管理、库房管理、文物征集、藏品保管和陈列展览等工作的需要，制定了一系列规章制度。通过“规矩方圆”的建立，文物保管、陈列和修复的岗位责任制的落实，故宫博物院形成了比较科学的管理模式，实现了博物馆事业的转型和发展。
故宫人才队伍的建设者
人才队伍一直是博物馆事业发展的关键因素。郑欣淼先生在《吴仲超院长的开拓性贡献》一文中说过，“1952年一场‘三反运动’，许多人被迫离开故宫，受到批判，这对于故宫队伍是一次严重的伤害”。到1954年，故宫博物院从事业务与管理的干部不足400人，其中有300多人是从部队转业复员的官兵。为了让这些同志更快地适应和转变，从革命战士、职业军人成长为文化工作者，吴仲超院长积极倡办成人教育，并专门成立了教育科，举办夜校，组织职工上夜校，读中学，想方设法提高这批年轻人的文化基础，然后再把他们分配到相关的工作岗位上进行锻炼。这些举措，不仅推动了博物馆事业的发展，而且改变了很多职工的人生轨迹。除此之外，1954年、1956年，故宫博物院先后从北京多所中学挑选毕业生，让他们跟随有经验的专家学习。从1962年开始，又陆续从北京大学、山东大学、武汉大学和中央美术学院招进一批本科生、研究生。他们在各专业岗位经受实践锻炼，后来都成长为各个门类的专家。在吴院长的培养计划之下，故宫博物院博物馆事业有了坚实的人才基础。
除此以外，吴仲超院长还以敏锐的眼光，大胆使用1949年以前入职故宫的老职员。这些人大部分曾经是“三反运动”的对象，如王世襄、朱家溍先生等都在此列。朱家溍先生1946年入职，“三反运动”中被列为重点对象，1954年后一直没有适合的岗位。1956年，故宫博物院人事处通知他仍回陈列部工作。朱家溍先生重新回到故宫后，吴院长和他长谈了一小时，让他顿有知己之感。
故宫博物院素有“大百科故宫”之称，为了让故宫的学术研究尽快与其历史文化地位相匹称，吴院长延揽了一批专家学者和能工巧匠来到故宫博物院。他秉持尊重知识、重视人才的理念，“兼收并蓄”“博采众长”，文物大家唐兰、书画大家徐邦达等、陶瓷大家孙瀛洲、金石大家王文昶、古建大家王濮子等纷至沓来，形成了前所未有的发展氛围。在加强故宫博物院学术力量的同时，也奠定了不拘一格吸纳人才的用人传统。
有了专家，有了人才，吴院长还真心诚意、想方设法为他们排忧解难。从改善研究条件、办公环境到分配住房、安置家属，吴院长无微不至，让故宫的职工能全身心地投入到工作之中。唐兰、陈万里、单士元、徐邦达、朱家溍等老专家，都曾得到过他的帮助。唐兰、单士元两位专家还被提拔为副院长，在管理岗位上充分发挥他们的专业才干。
吴院长延揽人才的举措，使故宫博物院形成了一支在国内外有重要影响的国宝级学术人才队伍，在书画、青铜、陶瓷、玉器、金石文字、文物修复复制等领域提升到顶级水平。
完整故宫保护的践行者
“完整故宫”是故宫博物院的前提和基础。新中国成立初期，紫禁城内古建筑破坏严重，处处可见残垣败瓦、满目疮痍。为此，吴仲超院长一方面在文化部和解放军的支持下，组织进行了一场轰轰烈烈的紫禁城卫生大扫除。历年积留下的垃圾渣土、乱砖碎石等，约清运出25万立方米。同时，吴院长还组织人力疏浚河道、修缮河墙、通滤明暗水沟，并增设污水管道，不仅解决了紫禁城内污水排泄问题，还彻底解决了紫禁城内肮脏、腐臭的卫生状况。另一方面，他确定了“着重保护、重点修缮、全面规划、逐步实施”的方针，广泛听取社会各界特别是专家学者的建议，制定“修旧如旧”的修缮原则，逐渐摸索出一套适合故宫古建的修缮程序、技术和经验。整坍治塌、剔糟除朽、油饰彩画、红墙刷粉、地面铺墁、增设避雷设施等全面展开，3年修缮了8万余平方米古建筑，再现了昔日皇宫绚丽辉煌之貌。20世纪50年代，故宫大规模修缮了中路、西路、东路、外东路和宁寿宫区等重要区域，地面翻墁，油饰彩画，恢复了金殿辉煌的庄严面貌。70年代，故宫修缮了中轴线前三殿、后三殿等殿宇的油饰，使重点区域建筑面貌有所改观。1974年，国务院批准《故宫博物院五年古建筑修缮规划》。按照这个规划，故宫对午门雁翅楼、东南角楼、皇极殿、后三宫、钟粹宫、景仁宫等多处建筑进行修缮和油饰。到80年代，养心殿、武英殿、畅音阁等重点修缮工程也渐次完成，着重大修或大木加固工程，并安装了避雷设备确保古建安全，建筑风貌有了较大改观。
