二十世纪五六十年代，因故宫博物院“地广人稀封建落后”，有人提出把故宫分为五大块作为园林，也有计划要对故宫博物院进行“革命性改造”，清除糟粕建筑物。1959年10月，故宫向北京市文化局提交了一份报告，中心意思是“紫禁城范围内的建筑必须加以保护，保持古建筑的原有面貌。修缮以复原为原则，保持原有风格”。为配合工作方案，故宫也在东西华门两侧沿道路向北安装了路灯，闭馆时间延长到晚上8点钟，在文华殿、武英殿周边树下还有不少石凳。
作为故宫博物院院长，吴仲超一方面坚持既有目标，坚定维护故宫的完整性，以保护历史文化的高度责任感推动故宫古建的保护工作，另一方面，面对来自各方面的压力和各种错误思潮的影响，为尽力符合当时的社会环境，顶住压力、沉着应对、积极呼吁、冷静处理，使故宫免遭破坏。2012年，在纪念吴院长的座谈会上，杨伯达和谢辰生两位先生都说到1959年的“报告”事件，他们的看法是，吴仲超院长以他的智慧保存了故宫的完整性。
故宫珍贵文物的守护者
随着故宫博物院事业的开展，特别是北返文物分批运回北京，为解决藏品底数不清问题，吴仲超院长审时度势，组织了百余人的专业队伍，制定了以清理文物、处理非文物、紧缩库房、建立专库为内容的《整理历史积压库存物方案》以及《清理非文物物资暂行办法》，逐宫进行文物清点、鉴别，并分类、建卡，最终形成了以故宫旧藏汇总为“故”字号文物登记账和1954年开始登记的“新”字号文物登记账合成的故宫博物院藏品总账。同时，也制定了文物等级标准，基本确定了一、二、三级文物，做到级别明确，断代清楚，有底有数。从而，形成了一套管理文物的基本制度，达到制度健全、账目清晰、鉴别准确、编目详明、保管妥善、查用便捷等要求，使文物藏品的管理更加科学合理。有人曾经估算，把故宫文物清理好、库房整理好，最多要用100年，至少也要用50年。但在吴院长的统筹与监督下，这项工作仅用了6年时间，在国庆十周年前夕基本完成。特别值得一提的是，在文物清理过程中，抢救出2876件珍贵文物，其中有商代青铜三羊尊、战国龟鱼蟠螭纹青铜方盘、唐代卢楞伽《六尊者像》、宋徽宗赵佶《听琴图》、宋代马麟《层叠冰绡图》、宋代哥窑洗、元代釉里红瓶、明代永乐白釉僧帽瓷壶、明代何朝宗塑德化窑达摩和观音白瓷像、清康熙黄釉双耳杯、清代象牙席、金印盒及珠宝翠玉等国宝级文物500余件。对非文物的处理，吴院长也是非常慎重，在经专家、学者和著名人士讨论研究审查，报国务院批准后，方行处理。
原状陈列与专题陈列相结合的陈列展览格局基本体现了综合型古代艺术博物馆的定位。在做好古建维护和藏品保管工作的基础上，吴院长强调陈列展览应与故宫本身的内涵相契合，以科研为本，以观众为上，以宫廷为脉，将前三殿、后三宫、西六宫等定为宫廷史迹原状陈列，其中包括举行大典的政务场所、日常理政的政务场所、皇帝和后妃的寝居处等。
经过多年探索，故宫博物院确立了原状陈列与专题陈列相结合的陈列展览格局，即：在紫禁城中轴线上的三大殿、后三宫以及西六宫设计宫廷史迹原状陈列；在内西路辟设历代艺术馆，在内东路及奉先殿辟设青铜等专馆陈列，在外东路辟设绘画馆和珍宝馆。这一陈列展览的基本格局和展陈理念沿承至今。
国之良干，故宫楷模
1984年10月7日，吴仲超在北京病逝。遵照他的遗愿，他的骨灰被撒在了他曾战斗过的江苏茅山。临终前，他还将自己的全部积蓄3000元钱交给故宫博物院作为奖励基金。
吴仲超半生戎马半生文博，他既是一位久经考验的革命家，又是一位挚爱文博工作的事业家。吴仲超在院长任上三十年，去世至今也已经超过三十年，为什么那么多人都记着他，愿意说起他？也许是我们自古以来习惯的“慎终追远”使然，还是因为故宫博物院走到建院95年这样一个时间点，使人们愿意寻找、铭记这样一位可以效法也理当效法的榜样。朱家溍先生在世时，遇有求字的人，尤其是公务人员，常写张迁碑的隶书：“国之良干，垂爱在民。蔽沛棠树，温温恭人。乾道不缪，唯淑是亲。既多受祉，永享南山。干禄无疆，子子孙孙。”更多时候就是“国之良干”四个字，朱传荣女士曾用此来形容吴仲超院长。我想，这也是当代故宫人对老院长的珍重与认可。
