1864年7月，清军从太平门攻入，天京凹陷，忠王李秀成在南京城郊被俘虏，黄文金、洪仁等人带着幼天王前往湖北投靠扶王陈得才，由于在江西作战的李世贤、汪海洋没有出动戎行帮助他们，黄文金战死。十月25日，在石城荒谷，清军游击周家良后，幼天王遭俘虏，沦为阶下囚。随后，偕王谭体元带领余部投靠了康王汪海洋部太平军。可是，太平天国并未就此消亡，其他部持续与清军进行苦战。在天京沦亡后，活泼在大江南北的太平军余部依然高举天国的义旗，联合友军，持续坚持了四年的勇敢战役，为太平天国史谱写了最终的壮烈华章。
太平天国余部主要有南北两支：南边余部主力以侍王李世贤、康王汪海洋为统帅，联合广东天地会军（花旗）在江西、福建、广东三省鸿沟转战；北方余部主力是皖北将士，由陈玉成部将——扶王陈得才、启王梁成富、等人为统帅，可是不久之后就由于内部不好溃散，最终以赖文光统带，参加捻军，转战于北我国黄淮流域。南北余部是复兴太平天国之最终期望，但两部割裂，各自为战，实力大减，与清军争斗不下。更令人怅惘的是，由于内部抵触，叛徒丁太阳、黄十四的出卖，最终仅存的太平军主力在嘉应州（梅州）一战中全军覆灭，主帅汪海洋被当场爆头，副帅偕王谭体元极力奋战，身中8弹，所以纵马跳下山崖，多位太平天国的高档文武官员700余人被处死。天京凹陷，太平天国并没有毁灭，但在嘉应州之战后，太平天国却完全消失在历史长河中。
那么在天京凹陷后，南北余部是怎么与清军反抗的呢？
天京凹陷后，太平军与清军迸发屡次战役，其间以李世贤与汪海洋领导的戎行为主，李世贤带着20余万戎马，与汪海洋一同集中力量攻击江西、福建多地，以此树立根据地，随后进军福建、江西，在之后的战役中，有失利也有成果。其时南边余部只剩下李世贤与汪海洋两支主力，还有嵩谭富、林正扬、丁太洋等天地会军合作举动，但独立性与流动性极大，李汪皆难以驾御。又因李世贤与汪海洋之间心生过节，战略指挥难以一致。加之曾国藩在1864年春提出战略想象，“开赣宁一路， 纵使入粤”，妄图把太平军驱入广东，涣散太平军的活动，使之饥疲而溃散，又诱使余部远离奋斗中心，然后堵截围歼。这是一次严峻失利，李汪战局失误，太平军错失良机，损失惨重。
但随后，在十月十一日，汪海洋遣精锐潜回进克县城，并在郊外设伏。张运兰率湘军驰救，途中受伏被斩，所带领的部队被歼溃，太平军声威大振。李汪因势制宜，改动原定入粤方案，转进福建 分西路、东路和中路进军。太平军余部横亘闽南，“西窥南赣， 东瞰汀泉，北趋连城，南扰东粤，据有局势。”清廷大震，差遣闽浙总督左宗棠匆促征调浙江湘军入闽，以遏止太平军的攻势，肃清余部。
左宗棠乃清军当世名将，用兵如神，之后太平军余部实力遭受严峻冲击。面临左宗棠湘军围歼，东路和中路接连受挫，只要西路战局进展杰出。但领导层出现分歧，严峻影响战局开展。李世贤局势孤威，汪海洋没有帮助，使李世贤骑虎难下。6月6日，丁太洋叛降刘典，李世贤损失大部主力，率残部向汪海洋挨近。现在，余部只剩汪海洋兵团与林正扬部花旗坚持实力，但汪海洋为人胸怀偏狭，想要独揽大权，替代李世贤，可单独面临左宗棠大军，结局不妙。汪海洋不顾后果，关键时刻挑起内斗，使太平军损失惨重。可见，太平军内讧严峻，实在是余部败亡的一大原因
在其时，汪海洋之做法十分令人心寒。为揽权，汪海洋以各种理由处死了前来投靠的侍王部下李元茂等70余大将，杀死前来投靠而来的李世贤，还说：“侍王已屈服”，使得人心不齐，林正扬、丁太样等广东“花旗军”（天地会装备）纷繁屈服左宗棠，还将来王陆顺德作为“投名状”十万花旗军被歼灭，汪海洋势孤力竭。在内部割裂，军心不坚定，左宗棠又接连派兵攻取镇平的困局下，汪海洋不得已强攻汀江防地，计划攻入广东，接着出动戎行攫取嘉应州，将其作为休整基地，待过年后再围住而出。