如果从军事角度来看，登莱巡抚孙元化实在是太一般了，不能随机应变，也没有果敢的处事能力，否则也不会让孔有德、耿仲明等人搞的“吴桥兵变”闹得那么大。但是，在崇祯已经投案自首的情况下，他确实不应该把它斩首于西市，而应该充分利用它，让它去立功。
孙元化是明末清初最杰出的火器专家，是国家科技人才，是大明国宝。他精通西学，能造出当时最精良的大炮和各种触发式地雷，宁远大捷、宁锦大捷所用的红衣大炮，就是在他的主持下制造的。孙元化死后，他的后人拒绝为大明效劳，而是集中精力进行学术研究。总之，只要崇祯有足够的责任心，能够做到用人不疑，疑人不用，给人以实权。于是，在崇祯时期就会出现这样的现象：由孙承宗统率，袁崇焕守城，卢象升、孙传庭担任开路先锋，孙元化、徐光启主持编练的六万火器军为主力，浩浩荡荡开往辽东征讨女真，那一定是非常精彩的.
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