吞并正蓝旗后，皇太极将原正蓝旗的八个佐领封给儿子豪格，又拿出三个封给镶黄旗小旗主阿巴泰，加强了原镶黄旗的实力。一同也削弱了正蓝旗的凝聚力。
没过多久，皇太极将正黄旗的一半与正蓝旗的一半进行捏合，组成新的正黄旗。将正黄旗和正蓝旗剩余的一半捏合，组成新的镶黄旗，都由皇太极亲身统领。
镶黄旗归皇太极后，原镶黄旗旗主豪格带着自己的佐领改为正蓝旗，成为正蓝旗的旗主。原镶黄旗的小旗主阿巴泰，也相同成为了新正蓝旗的小旗主。
这次调整之后，八旗旗主如下：
两黄旗——皇太极;正蓝旗——豪格，阿巴泰(小旗主);镶蓝旗——济尔哈朗;以上四旗是皇太极的嫡派人马
正红旗——代善;镶红旗——岳托，硕托(小旗主);两红旗在代善的统领下，坚持中立。
正白旗——多铎;镶白旗——阿济格，多尔衮;两白旗与皇太极私自较劲
多尔衮时期的八旗变化
皇太极身后，多尔衮掌权。他和皇太极是一路货色，掌权之后也是大举吞并其它旗。详细的调整有两次。
第一次调整——两白旗混编。
大清崇德八年(公元1643年)八月，皇太极忽然逝世。他逝世之后两个月。多尔衮仗着自己有权有势，趁机没收了亲弟弟多铎在正白旗的15个佐领。
多尔衮手上自身就有15个佐领，没收多铎的15个佐领后，多尔衮就具有了30个佐领，即一个整旗的实力。
之后多尔衮的将自己所领镶白旗的与多铎的正白旗进行对调，自己成为正白旗旗主，而原属正白旗的多铎，则换色为镶白。
自身就在原镶白旗的阿济格并没有参加此次换旗。多铎换到镶白旗后，他是旗主，阿济格变成了镶白旗的小旗主。
第2次调整——两白旗与正蓝旗混编。
争储事情后，多尔衮和豪格结了梁子。为了搞死豪格，多尔衮下了大力气。大清顺治五年二月(公元1648年)，多尔衮将豪格打下大狱，没收了他的正蓝旗。(还抢了豪格的小老婆)
豪格的正蓝旗被没收后，多尔衮没有上交给顺治皇帝，而是被他以“俟归政，然后隶于上”的名义私吞了。
顺治六年(公元1649年)，镶白旗旗主多铎病逝。多尔衮便将两白旗和正蓝旗一同混编。本来归于豪格的正蓝旗佐领和本来归于多铎、阿济格的镶白旗佐领对调。
对调之后，新的镶白旗没有旗主，多尔衮见义勇为的自领镶白旗旗主，加上正白旗，他就成为了两白旗的旗主。
而新的正蓝旗则由原镶白旗的阿济格、多铎的次子多尼、阿巴泰第三子博洛、阿巴泰第四子岳东四人一同办理。这四个人中，多尼名下的佐领数量最多，所以他是旗主，别的三人是小旗主。
别的，正红旗旗主代长于同年病死。他的儿子镶红旗旗主硕托在三年前被处死(岳托身后硕托继任)。因而两红旗的旗主也都换了人。正红旗旗主为满达海(代善儿子)、镶红旗旗主为罗科铎(岳托孙子)。
这一系列轰动之后，八旗旗主如下：两黄旗——顺治帝;两白旗——多尔衮;正红旗——满达海，勒克德浑(小旗主);镶红旗——罗科铎，尼堪、硕塞(小旗主);正蓝旗——多尼，阿济格等人(小旗主);镶蓝旗——济尔哈朗;
八旗旗主的终究确认
通过努尔哈赤、皇太极、多尔衮历经二十几年的调整，此刻的八旗现已改头换面，跟最早的时分，彻底不是一回事了。
比方正白旗旗主本来是褚英，成果褚英被努尔哈赤弄死，正白旗的人马交给了皇太极和褚英的儿子杜度承继。到了八旗建立时，杜度调任镶白旗，褚英当年的人马就变成了镶白旗。后来努尔哈赤为了给多尔衮挪位，把杜度挪到了镶红旗，褚英一系的人马又调到了镶红旗。这变来变去的，八旗早现已不是当年的八旗了。
多尔衮身后，顺治皇帝秋后算账，又对八旗做了一次大的调集。
