于是高拱终于明白过来，那个“欺负”穆宗的內官可能就是冯保。冯保粗识二三字，言不成文。“遗诏”都先由张居正拟定，然后秘密送往冯保处，再由冯保假借皇帝的名义来发布。这两人互相勾结，一个成为顾命，另一个掌控司礼监。而给皇太子的“遗诏”中写明：“你要依三阁臣并司礼监辅导”，也就是说，接下来只要把高拱扳倒，新继位的万历皇帝便会落入张居正和冯保的股掌之中了。
因此，《病榻遗言》断言：“二遗诏者，皆居正所为。”张居正和冯保篡改先帝遗诏，这是第一大罪！
张居正是一个恩将仇报的两面人？
《病榻遗言》说高拱与张居正久已相识，二人如在师友之间，经常讲析理义，商确治道，有着共同的抱负。张居正逢人就说：“自交玄老，长多少学问见识。”后来二人又共同校定《永乐大典》，相继进入朝中，高拱在前、张居正在后，始终惺惺相惜。
隆庆元年，高拱被徐阶排挤，归乡闲居三载。等他重新回到朝中时，赵大洲正与张居正争权。赵大洲告诉高拱说：“世所谓妖精者，张子其人也。”高拱逐渐发现张居正已经不同于往昔了。此时的张子“全以诈术驭人，言语反覆无实”，他喜欢挑拨别人互斗，自己从中取利，专干损人利己的事。
每当高拱提携一名官员时，张居正就说：“此吾荐之高老者也”，用以收恩；而当高拱贬斥另一名官员时，他又说：“吾曾劝止之，奈高老不听何？”又以收恩。高拱不禁感叹：
“张别吾三载，乃不能进德，遂成斯人乎？”
至于张居正贪腐纳贿的丑事，更是满朝皆知。徐阶被迫退休，是张居正谋划的，他想要以此来向高拱卖人情；同时他又收受徐阶家族的重贿，说是帮他们向高拱调停，以免徐氏遭报复。他当着高拱的面，就说徐阶可恶；而当着徐阶的面，又说高拱心怀报复——真是个典型的两面人。
后来张居正又指使曹大埜上疏弹劾高拱“十大不忠”，当时穆宗正在生病，读后大怒，认为曹大埜污蔑首辅，将其降调外任。张居正见此事不行，便嫁祸给政敌赵大洲，向高拱说：“曹大埜是赵大洲乡人，闻此事是大洲所为。”后来知道瞒不住，才亲自去向高拱请罪，说：“曹大埜事谓我不与知，亦不敢如此说，今事已如此，愿公赦吾之罪。”
高拱知道阁臣之间的纷争，唯一能主持公理的只有皇帝了。而彼时穆宗尚在病中，自己只好忍气吞声，选择息事宁人。为了平衡两人间的争斗，高拱便推荐高仪入阁。高仪是一个正直的人，他也说：
“荆人（张居正）谲狠乃一至此哉，不入此安得情态。”
高拱本以为内阁总算可以恢复平静了，谁料张居正反而愈发觉得非得尽快除掉他不可，局势变得更加险恶。
张居正自导自演，罢黜高拱
隆庆六年，明穆宗驾崩之后，张居正与冯保更加肆无忌惮地交通往来。他们彼此互遣信使，密帖相传，旁若无人。高拱身为首辅，完全被架空了，于是他决定冒死向冯保进攻。
就在万历帝登基的那天，高拱上了一道奏疏，隐约地劝皇帝要遵守祖制，御门听政，事必面奏，不用通过太监冯保来下旨。当时万历帝才十岁，冯保看到奏疏后，感到不高兴，便代皇帝批道：“知道了，遵祖制。”高拱眼见冯保弄权如此，便发动六科集体进攻，揭发冯保的罪状。
冯保急忙问计于张居正。张居正回答说：“勿惧，便好将计就计为之。”于是开始自导自演，发起了罢黜高拱的滑稽戏。
隆庆六年六月十六日，穆宗驾崩不到一个月，第一顾命大臣高拱便被免了职。那天一早，高拱到内阁办事，张居正称病不出，忽然有旨招内阁五府和六部。百官都急忙到场，只有张居正姗姗来迟。高拱当时还不知道自己即将被罢免，还以为是皇帝要答复百官弹劾冯保的奏状。
彼时，太监王蓁捧圣旨出，百官皆跪。王蓁说：“张老先生接旨意”，张居正急忙接过圣旨，展开一看，里面写道：
“皇后懿旨、皇贵妃令旨、皇帝圣旨......今有大学士高拱专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主管，不知他要何为？......高拱便著回籍闲住，不许停留。”
