圣旨写明要罢高拱的官，让张居正来继任首辅。百官读后皆惊愕，高拱独叩头而出，不辩一语，他心里明白：
“皇上既在幼，而保又文理不通，此旨词语通顺无滞，是谁为之也？一览可知矣。”
张居正和冯保居然敢挟天子以令诸侯，使高拱毫无招架之力。高拱只是北向而祝说：“吾皇虽幼，然聪明天纵，出寻常万倍，愿天地鬼神祖宗先帝之灵益加启发，早识奸谋，勿使为社稷之祸，拱虽万死亦甘心。”——当万历皇帝读到《病榻遗言》中的这些文字时，“张先生”那伟岸的形象瞬间就崩塌了，等待他的将是抄家与清算。
张居正的最终罪名
万历十二年，明神宗正式下令抄没张居正的家财。张居正的子女急忙焚毁奇货禁物，在听闻荆州守令要来登记家族人口后，一些张家人丁惶恐地躲到空房子里。随后房子被查封，他们都饿死在里面，尸体也野狗吃尽。
官府从张家子弟中搜出黄金万两，白金十万余两；张居正的长子受不住刑罚，诡供说另有三十万金寄藏于其他官员家中，然而最后也只搜出了十分之三。张家子女多经受不住拷打，相继自杀。申时行等请求从宽处理，万历帝便下诏留千亩田给张居正的母亲养老。之后言官依然攻击张居正，皇帝下令削夺他的官籍，收回先前所赐的玺书诰命。
抄家四个月后朝廷才正式颁布张居正的罪状，说他“污蔑亲藩，侵夺王坟府第，钳制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，在末尾又说“当剖棺戮尸，而姑免之。”这些罪状都是有凭据可查的，但皇帝对他的态度恐不仅限于此。《病榻遗言》中揭发张居正伪造先帝遗旨，与冯保擅自废斥顾命大臣，并且将年幼的万历帝玩弄于股掌之上，这才张居正受皇帝痛恨的深层原因。
