在三国里面，周瑜作为一个英勇善战、智勇双全的将领之才，在政治上却极为不如意，比如说孙权在赤壁之战之后就很少重用他了。
话说两人的君臣关系也是极其微妙，这种紧张的关系自打孙权上位东吴之主就已经开始了。
孙策死后，就由其弟弟孙权继位。可才上位没多久，孙权就看见黑云压城，大军压境，让不明情况，未上阵打战的他着实出了场冷汗。结果这场浩浩荡荡的“大军”原来是周公瑾带领大军回到东昊给已故的孙策奔丧来了，听到这个消息孙权才渐渐缓了口气。不过让孙权从此也对周瑜起了疑心，不经允许，带兵入城可是大忌，周瑜不会不知，他到底是悼念先主还是趁机谋反的呢。
自古君主疑心重，孙权一登基，就碰到周瑜那档子事，心里能不堵得慌吗?再加上孙权上位太年轻，朝中和军中大多以周瑜马首是瞻，孙权更加气愤，因此就调走了周瑜。
孙权上位太坎坷，才做上东昊第一把交椅不久，曹操来犯，无奈下，孙权又把周瑜调回来了。让孙权更看周瑜不爽的是，周瑜一回朝，不少大臣都去他私宅登门造访，尽管周瑜为人做事十分低调，但这件事让他在孙权眼里更加碍眼。
赤壁之战后，周瑜断刘备会成为一方之主，就上谏孙权要小心刘备等人，最好是能够早日杀掉刘备，然后把关羽张飞等人收入囊中。然而孙权刚好和周瑜所谏相反，他并没采取周瑜的建议，而是选择和刘备联盟，并把自己的妹妹嫁与刘备。
这样看起来是孙权想讨好刘备，以便强强联盟，对抗曹军，其实不仅如此，孙权作为一个政治家，凡事都会深思熟虑，最好是能一举三得。刘备作为周瑜心中大敌，与刘备结亲，就好比在周瑜面前放了根刺一样，用刘备来平衡他和周瑜的力量。而当时的刘备也看出他们君臣之间的间隙了，时不时在孙权面前说周公瑾恐想自立，渐渐把间隙越拉越宽。
周瑜在去世前，给孙权上了封遗书，称此生唯一要感谢的是先主孙策的知遇之恩，每每在任时都不敢懈怠，生怕对不起先主的恩情，还提议自己死后让鲁肃继位。怕因之前的君臣关系，孙权不肯听自己最后几言，还特称 “人之将死，其言也善”。如今想想周瑜将死躺在床上那一番衷心之言，也实在在悲凉了。