从明末开始就有人怀疑所谓的“天下大师之墓”的真实性，根据孙承泽《天府广记》记载：传西山有天下大师之墓，孙承泽自己遍寻金山却一无所获，王崇简在崇祯十一年去金山口寻找天下大师墓，走了十多里也未找到，走到黑龙潭前的广亩平原前，发现了一个石碑，上书“大内迁出二棺之记”。旁边有宛平县令之名，即无年月记载，也无封土，孙承泽进一步考证认为这是嘉靖壬寅宫变时被赐死的曹端妃和王宁嫔之陵墓，当与建文无关。
三、史料中的蛛丝马迹——胡濙找到建文帝了吗？
张岱在《石匮书·胡濙列传》列传中是这样记载的：“文皇益疑，遣胡濙巡天下，名访张邋遢，又名搜书，遍行郡县察人心。又传建文在滇南，濙以故在楚湖南久。二十一年还朝。会文皇驻宣府，濙驰夜上谒。文皇已就寝，闻濙至，披衣急起召入，劳濙赐坐与语，濙言不足虑也。先，濙未至，传言建文蹈海去，文皇分遣内臣郑和辈浮海下西洋。至是，文皇疑始释。”
明史也采用了这个说法：“二十一年还朝，驰谒帝于宣府。帝已就寝，闻濙至，急起召入。濙悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”
似乎胡濙是找到了建文帝的踪迹，但明实录提供了另一种说法：“命濙巡历天下，以访仙为名，实欲审察人心向背也...车驾亲征北虏，驻跸宣府，濙驰见行在，赐坐与语，因以民间欣戴之意闻慰劳而出。先是仁宗在青宫监国南京时有为飞语者，太宗疑之，命濙往察焉，濙至密疏七事以闻，遂释其疑。”
没有半夜三更去见朱棣，也没有四下漏鼓乃出，去面见朱棣的原因也是为了给太子辩白，然而究竟是实录有所掩饰还是张岱的演绎已不可知。如果是明实录的刻意掩饰，那张岱的记载又是如何认定“至是疑始释”是关于建文帝下落的疑呢？如果明实录记载无误的话，那在永乐时期最后一条关于建文的线索也没了，这个明史第一悬案也很难有定论了。
从一僧人诈称建文流落云南，到后来致身录和从亡随笔演绎成一个情节完整的小说故事，从明实录一段例行传记到石匮书、明史的暗示，建文帝的遗踪也成了明史中永远的未解之谜，直至今日，在中国辽阔的土地上，仍然流传着各种建文帝下落的传说。
