最早的密疏是内阁上呈皇帝的密疏，内阁位于皇城东角门，密疏直接由门隙传递至皇帝御前，可见当时内阁地位崇高非其他部门能比。
“内阁密揭，用文渊阁印缄封进御，左右近侍，莫能窥也，然揭也不敢数数轻进，每进揭，主上辄动色谓左右云，阁下揭帖至矣，其重如此”“中外大小臣工上封事，外有通政司，内则会极门，俱有号簿，惟内阁独得进密揭。盖心膂近臣，非百司得比，近日言路，遂指以为奸薮，欲尽行停格，不知转移圣意，全恃此一线，外廷千言，不如禁密片语。”
当时的内阁密疏由于内阁地处皇城之内，进呈密疏可以不用通过宦官的司礼监和文书房之手，这样上呈的密疏就不存在可能会泄密的风险，而按照明朝的惯例，当时的密疏一般都是留中不发，“故事，阁臣密揭皆留中。”
而皇帝对于密疏的处理意见，一般就是通过密旨，密谕的形式附在密疏末尾，返还给上奏密疏的臣子，这一过程都是保密进行的。
文渊阁
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如果不是阁臣的话，一般臣子的密疏则会交由通政司转呈。在明宪宗以前，通政司假使接手了大臣们上奏的密疏之后就会直接将此封密疏的情况登记在案，然后传入内廷直接送呈皇帝面前。
在明宪宗以后，密疏也开始和普通奏疏一样，需要由通政司抄录副本，副本抄录好以后再将密疏重新封好转呈至文书房。京官的密疏则会投入会极门，会极门也会把密疏情况登记在案再转呈至内廷文书房。这便是处理密疏的第一道流程。
由通政司和会极门转呈到文书房的密疏，文书房会将它们快速的送到司礼监，“文书房，官八员或十员… …职掌通政使司每日递进本章，并会极门京官所上封本… …文书房各以名衔先后分管之。其在外之阁票，在内之搭票，一应旨意、圣谕、御札，俱由文书房落底簿发行。”这是密疏处理的第二个流程。
司礼监影视图
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当文书房将密疏送呈到司礼监之后，司礼监会对送达的密疏做再次的登记随后转呈至内廷，并不会对密疏的内容做任何实质的处理，司礼监所充当的完全就是一个传递的角色。
但是在魏忠贤时期，由于皇帝的信任，将权力下放给魏忠贤，导致魏忠贤操纵司礼监开始对于密疏进行各种处理。魏忠贤时期，司礼监太监会把文书房送呈的密疏的奏本分投到各房互看，而京官的密疏奏本是让司礼监太监们十分不放心的，经常一封奏疏会过目好几个房的太监。
“惟会极门封本，虽众官大殿内看过，尚恐未遍未详，捧匣者又自日暮为始，先到日精门体乾直房，次到西南撺角逆贤直房，次过月华门到梁栋直房，到石元雅直房，到涂文辅直房，次再过仁荡门到李永贞直房，各家都有经管文书识字官人如若愚之类者，立于案旁，一本一本打发各家本管公公细查看。”
当然了，司礼监太监查阅密疏这是魏忠贤时期的一种特殊情况，不能认为是普遍现象和处理密疏中的必经流程，这里只是简单的介绍一下此种短时期存在的特例，而司礼监转呈至内廷，则就是密疏处理的第三个流程。
明代朝参画像
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在通过前三个流程，包括通政司会极门抄录密疏副本再送到文书房，文书房再送到司礼监，司礼监再转达至御前之后，密疏终于可以得到正式的处理方案了，前三个过程都只是为了密疏的最后处理做准备而已，因为除了皇帝本人，其他任何人都无法对密疏进行任何处理。
因此，皇帝最后对密疏的批答或是留中不发才是对密疏处理的关键步骤。直到皇帝批阅以后再将密旨附于密疏之后由文书房在转呈外廷直接送还上奏密疏的本人，才是对密疏进行了一次完整的处理。
明代的密疏则启发了清朝的雍正皇帝创设了正式的“密折制”，而明朝密疏和清代密折制也更加强力的巩固这两个封建王朝自身的统治。
