清圣祖康熙
顺治十八年(1661)，顺治帝去世后，由他建立的翰林入直制度也随之告罢。降至康熙帝亲政后，清朝建立以专制皇权为核心的官僚政治体制的进程大大加速。在这个过程中，为适应皇权强化的需要，南书房这一非制度化决策机构应运而生。一般认为南书房设立于康熙十六年(1677)。这年十月，康熙帝谕大学士勒德洪、明珠：
朕不时观书写字，近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应对。今欲于翰林内选择博学善书者二员，常侍左右，讲究文义。但伊等各供其职，若仍令住城外，则不时宣召，难以即至。今着于城内拨给房屋，停其升转，在内侍从，几年之后酌量优用。再如高士奇等善书者，亦着选择一二人，同伊等在内侍从。尔衙门满汉大臣会议具奏。
内阁随即口奏，建议由翰林院具体办理。十一月，康熙帝正式令张英、高士奇“在内供奉”，居住房屋均由内务府拨给，并告诫二人“当谨慎勤劳，后必优用，勿干预外事”(《康熙起居注》第1册，第331页，第337页)。是为康熙朝“儒臣入直内廷之始”(吴振棫：《养吉斋丛录》卷四)。中国第一历史档案馆所藏《南书房记注》也从本月开始。此后，叶方霭、张玉书、陈廷敬、徐乾学、王鸿绪等均得入直。
南书房亦称南斋，属于内廷范围。从表面上看，康熙朝南书房的职责主要有：为皇帝讲解经史、编纂书籍、诗赋唱和等，也就是说，南书房翰林是皇帝的文学侍从。但实际情况并非完全如此。除文学方面的工作外，南书房还承担着协助皇帝对一些重要问题进行决策的特殊使命，可以说，是康熙帝为自己设立的一个新的决策核心，入直者中受皇帝特殊器重者即成为这一决策核心的骨干成员和机要秘书。
萧奭云：“南书房在乾清宫之西南，密迩宸扆，不仅如前代秘书阁、集贤殿，入直者止供文翰而已。凡诏旨密勿，时被顾问。非崇班贵廪，上所亲信者不得入。”(萧奭：《永宪录》卷一)或谓康熙时“章疏票拟，主之内阁，军国机要，主之议政处，若特颁诏旨，由南书房翰林视草”(吴振棫：《养吉斋丛录》卷四)。其实这一说法并不准确。
在康熙中后期，议政处对“军国机要”的发言权已经微乎其微，而南书房的职责绝非仅仅草拟制诰，在很多时候它还参与决策，承担撰写“密谕”的重要职能。如高士奇自述“有时召余至内殿草制，或月上乃归”(高士奇：《金鳌退食笔记》卷上)。康熙帝曾对高士奇说：“尔在内办事有年，凡密谕及朕所览讲章，纂辑书写甚多，特赐表裹十匹，银五百两，以旌尔之勤劳。”(《清史列传》卷十，《高士奇》。)昭梿更认为“康熙中谕旨，皆其(南书房)拟进”(《啸亭续录》卷一，《南书房》)。可见，书写“密谕”是南书房的重要使命。
不仅如此，康熙朝南书房还参与了一些重要政治事件的策划，像康熙中明珠、余国柱的落职就系康熙帝与高士奇、徐乾学共同策划所为。李光地《榕村语录续集》卷十四，《本朝时事》载其事云：
丁卯年(1687)冬，上谒陵。于成龙在路上便对上发政府之私，说官已被明珠、余国柱卖完。上曰；“有何证佐？”曰：“但遣亲信大臣盘各省布政库银，若有不亏空者，便是臣诳言。”是时，高士奇、徐乾学尚为明、余所掩。上归，值太皇太后丧，不入宫，时访问于高，高亦尽言其状。上曰：“何无人参？”曰：“谁不怕死？”上曰：“有我，若等势重于四辅臣乎？我欲去之则竟去之，有何怕？”曰：“皇上作主，有何不可者。”高谋之徐，徐遂草疏，令郭华野上之。刘楷、陈世安亦有疏，三稿皆先呈皇上，请皇上改定。上曰：“即此便好”。次日遂上。
可见，明珠之落职，实际上是康熙帝和其南书房亲信精心策划的一场政治阴谋，它反映出南书房在康熙朝权力斗争中的关键地位。
南书房翰林中，获康熙帝宠信者权力甚重。像徐乾学“权势奔走天下”，主持风气，操纵选举，“以是游其门者，无不得科第”(赵翼：《簷曝杂记》卷二，《徐健庵》)。高士奇本以寒素起家，因入直南书房，“地既亲切，权势日益崇”，声势赫奕，“每归第，则九卿肩舆伺其巷皆满，明公(大学士明珠)亦在焉”，进而呼朋引类，自立门户，招权揽事，夤缘受贿，“馈至成千累万，即不属党护者，亦有常例，名之曰‘平安钱’”(《清史列传》卷十，《高士奇》)。至于久值南书房的张英，“在密勿论思之地，昼日三接，夕漏不休。造膝之谋，同列不闻；伏蒲之语，外庭不知。推贤与能，庆流朝著；横经讲艺，择及民生；弥历岁年，延登受策”，对朝廷用人行政发挥着重要影响(陈廷敬：《午亭文编》卷三十七，《存诚堂集序》)。正因为南书房系清廷要害部门，故入直者颇为时人侧目，“当代荣之”。(《啸亭续录》卷一，《南书房》)。
