附带提一句，南书房翰林中的亲信人物还承担着为皇帝搜集政治情报的特殊使命。像康熙帝第五次南巡时，曾密令在京的王鸿绪：“京中有可闻之事，卿密书奏折，与请安封内奏闻，不可令人知道。倘有泻漏，甚有关系。小心！小心！”(参见《康熙朝汉文朱批奏折汇编》第1册，第277~278页)
严格说来，康熙朝南书房仍是一个非制度化的决策机构，在制度上，它不过是外朝词臣在内廷的值班房，并未列入政府或内院的正式编制，其决策行为也不是正规的，并不符合当时清朝正式的制度与规范，故南书房翰林所拥有之权力往往颇遭时忌，许多不知康熙帝设立南书房真实动机的大臣将高士奇等人拥有的权力视为非法。
像康熙二十九年(1690)，左都御史郭琇参劾高士奇时就愤怒地说：“皇上因其(高士奇)字学颇工，不拘资格，擢补翰林，令入南书房，不过使之考订文章，原未假之与闻政事。为士奇者，即当竭力奉公，以报君恩于万一。计不出此，而日思结纳谄附大臣，揽事招权以图分肥。”康熙帝当然不会因高士奇等人“与闻政事”而加斥惩，但因其受贿营私已触众怒，故令其“休致回籍”(《清史列传》卷十，《高士奇》)。
在清初，皇权强化、官僚政治完善的过程，也是非制度化决策机制向制度化方向发展的过程。
康熙中后期，南书房已经显露出制度化的苗头。
这主要表现在：翰林入直制度逐渐完善。像康熙三十三年(1694)定：翰林院侍读学士以下，编检以上，与詹事府詹事以下，中赞以上，每日四人一班，进南书房侍直。康熙四十七年(1708)宣布废止这一制度，但皇帝选亲信入直南书房的做法仍然存在，而且康熙五十三年(1714)又规定：皇帝驻陛畅春园时，“翰林官四人一班，与南书房翰林一处行走，五日一更代”。直到康熙六十一年(1722)这一制度才告结束(参见光绪《钦定大清会典事例》卷一○四八，《翰林院五》)。
指定专人管理南书房事务，也是南书房制度化的重要体现。
关于南书房设官，按清朝官书文件，一般无统领或领班一类名色，但事实上，康熙帝仍指定专人负责。朱方增《从政观法录》载：“十六年，始立南书房，迁英(即张英)侍读学士，领其事，辰入酉出，以为常。”时赐第张英“瀛台之西。圣祖每日御乾清门听政后，即幸懋勤殿召英讲论经史，寒暑靡间。”(朱方增：《从政观法录》卷六，《大学士张英》、《国朝耆献类征初编》卷九，张英。)《郎潜纪闻》载：张英在康熙十二年以词臣“入侍左右，被顾问”，“十六年始立南书房，特迁公侍讲学士，使领其事”(陈康祺：《郎潜纪闻初笔》卷二，《择词臣入被顾问》)。吴振棫《养吉斋丛录》引杨绳武所撰陈廷敬神道碑称：陈廷敬曾继张英“总督南书房”。然南书房总督一职未见诸正式官书，故吴振棫疑云：“岂当时入直人多，以大臣统率之，遂云总督耶？”(《养吉斋丛录》卷四)雍正《山西通志》则称：“壬午(康熙四十一年)三月，桐城张文端公英致仕，命总理南书房事。自是，部务毕，辄入直以为常。”(觉罗石麟：《山西通志》卷一二二，陈廷敬)据陈廷敬之子陈壮履称：康熙五十一年四月十九日，陈廷敬病危，康熙帝曾传旨问：“大臣中学问人品如大学士，可代理内廷事务者为谁”(《皇城石刻文编》第24页，陈壮履《叠遣近臣存问》)。
可见，康熙时设有专人管理南书房事务当为定论。
在康熙帝去世以后，雍正帝即位，“一朝天子一朝臣”，南书房从此丧失了参与决策的权力，成为纯粹的文学侍从机构，即南书房，“内廷词臣直庐也”(《国朝宫史》卷十二，《宫殿二》)。
不过在相当长一段时间内，南书房的余威在民间仍然存在，甚至到雍正七年(1729)，还有人冒充南书房行走，诡称“密奉谕旨，来保定察访地方利弊、官员贤否。招摇撞骗，无所不至”(《雍正起居注》七年八月初八日)。
继南书房之后的军机处，仍然不是正式国家机关(时人将其作为内阁之分局)，但和南书房不同，它名正言顺地参与机密，并形成了一套相对正规的办事程序。
