不同于此前讲述的元曲故事，今天这出《拜月亭》是元杂剧大师关汉卿的得意之作，其精彩纷呈的情节丝毫不逊于《感天动地窦娥冤》。
话说，南宋时期，中都有一父母双亡的穷书生蒋世隆。书生一边寒窗苦读，一边照顾与自己相依为命的妹妹瑞莲。日子过得虽然清苦，但亦不乏欢声笑语。
由于金朝丞相陀满海牙遭到奸佞弹压，招致杀身之祸，株连满门。陀满氏族人被屠戮殆尽，仅剩丞相的独子陀满兴福逃出生天。
满城都是追捕陀满兴福的官兵，陀满兴福无路可去，慌不择路，溜入一胡同，顺着院墙跳进了蒋世隆家中。
蒋世隆和妹妹只听咕咚一声，寻声来到院子里发现了灰头土脸的陀满兴福。
陀满兴福对兄妹诉说了自家遭遇的横祸，蒋世隆兄妹见这年轻公子可怜，便将他窝藏在家中。陀满兴福见蒋世隆如此仗义，深受感动，当即与其结拜为异姓兄弟。
蒙古人逼近中都时，金朝兵部尚书王镇奉命前往前线搜集情报。他的夫人和闺女王瑞兰将其送出城外，希望王镇能早日平安归来。然而，随着蒙古人的攻势越来越凶猛，中都的百姓不得不出城逃难。王瑞兰带着母亲逃出城外，在官道上向南逃亡。
不料，半途王瑞兰与母亲遭遇一支乱兵，难民被乱兵冲散，瑞兰亦与母亲失散。当时，蒋世隆与自己的妹妹亦在逃亡的队伍里，这股乱军袭来时，他与妹妹也分散了。混乱之中，瑞兰隐约听到有人呼唤自己的名字，走过去一看，原来是个读书人，正是蒋世隆。
原来“瑞兰”与“瑞莲”读音相近，所以瑞兰以为秀才在呼唤自己。两人因战乱而结缘，于是便决定结伴而行，相互之间有个帮衬。殊不知王瑞兰出身高门大户，向来腼腆，早年她在闺阁中听到“女婿”的字眼时，都会羞臊到“早豁地离了坐位，悄地低了咽颈，缊地红了面皮”的程度。可现在时值乱世，羞耻又价值几何？
所以，她只能装成是蒋世隆的妹妹。不过，蒋世隆却觉得佯装兄妹大为不妥。乱军掳掠妇女时，往往会挑那些未出阁的闺女，至于“有儿夫的”，便不会掳掠。所以，他提议两人扮作夫妻。这是权宜之计，王瑞兰不得不听从蒋世隆的吩咐，答应他若有人问起便说自己是蒋世隆的妻子，无人问起时便权当是兄妹。
蒋世隆与王瑞兰一路南下，途经一座山头。每逢乱世，总有贼寇大发利市，从老百姓的身上赚国难财。这座山头正是流寇云集的土匪窝。蒋世隆与王瑞来被土匪截下，押送到山寨中。蒋世隆原以为貌美如花的王瑞兰要被充作压寨夫人，自己则要被剁成肉馅包成包子，谁知，当他抬起头看到山寨头子时，竟哈哈大笑起来。
这山寨头目不是别人，正是蒋世隆的八拜之交，陀满兴福。原来，这陀满兴福无处可去，所幸与一群流民啸聚山林，干起了打家劫舍的没本买卖。
陀满兴福见到兄弟十分激动，连忙上前抱住他，让他留在山寨里享福。王瑞兰毕竟是朝廷命官之女，最恨这些与朝廷唱反调的流寇。她见蒋世隆竟与这伙贼寇互称兄弟，还与那山贼头子推杯换盏相谈甚欢，不由得对其嗤之以鼻。
当天晚上，王瑞兰便对蒋世隆冷嘲热讽，说他“为那笔尖上发禄晚，见这刀刃上变钱疾”，“风高学放火，月黑做强贼”。不过，她误会了蒋世隆的人品，他只是见到拜把兄弟心里激动罢了，怎会留在山寨里做贼呢？
天亮之前，蒋世隆便带着王瑞兰不告而别了。在乱世之中能与自己的兄弟见面，已是来之不易的福气。至于在山上当土匪，他蒋世隆饱读诗书，做不来那档子事。
两人在逃亡的路上福祸相依，日久生情。经历了风雨错遇，踏伞相商、逃难生叹、互探底细、遇雨共伞、同拧罗裙、跌倒相劝等事件后，两人的感情已如胶似漆。