高士奇对郭琇的揭发没有半点反驳，因为都是事实。康熙也想保住他，但也无法推翻郭琇的弹劾，因此罢免高士奇职务，打发回老家了。这一点也是康熙对高士奇网开一面的体现。
康熙三十三年（1694年），高士奇重新被起用，从老家回到北京。然后担任《明史》纂修官。康熙三十五年（1696年），他三次跟随康熙帝西征，又受到康熙皇帝信赖。1670年，高士奇以赡养老母，向康熙皇帝告老还乡，康熙再次封他为詹事府詹事，1702年，再升礼部侍郎兼翰林院大学士，加封正一品官员。后来高士奇老母病逝，1703年，高士奇也病逝，被康熙皇帝追谥为“文恪”。
结束语：
高士奇的一生验证了祖泽深的相面之说。但高士奇学问的确很大，一般人没法比。这一点通过史料看，值得肯定。但作为皇帝的宠臣，高士奇也做了很多不法之事，这也是人性所决定的，所以高士奇并不是清白的一生。康熙皇帝再次起用高士奇，也能看出康熙对高士奇极大赏识，这是一般宠臣做不到的。
高士奇自己的人生有过错，因此，他对后代要求极严，据记载他告诫子孙：“祖宗法度不可废，德泽不可恃；法度废则变乱之事起，恃德泽则骄佚之心生。”?因此，高士奇后人都严格按照高士奇的嘱托，安贫乐道，后代没有出现不法之人。高士奇通过自己教育后代，希望后代发达传承。
